赤峰市食品药品监督管理局的人员编制是根据内蒙古自治区机构编制委员会的通知进行调整的，具体编制和领导职数由盟市根据实际需求进行统筹分配，并需向自治区编办备案。所有市局及派出机构的编制统一由市局管理使用。
市局机关行政编制总数为33名，工勤编制5名，设有如下领导职数：局长1名（处级），副局长3名（副处级），纪检组长1名（副处级），正科级领导9名，副科级领导10名。具体科室编制如下：
办公室：行政编5名，工勤编5名，科级领导1名正职，2名副职。
稽查科：行政编5名，科级领导1名正职，2名副职。
生产安全注册监管科：行政编3名，科级领导1名正职，1名副职。
药品监管科：行政编3名，科级领导1名正职，1名副职。
医疗器械监管科：行政编3名，科级领导1名正职，1名副职。
餐饮服务监管科：行政编3名，科级领导1名正职，1名副职。
保健食品化妆品监管科：行政编3名，科级领导1名正职，1名副职。
人事法制监察科：行政编3名（与纪检监察室合署办公，部门领导为双正职），科级领导2名正职，1名副职。
派出机构包括红山区分局、松山区分局和元宝山区分局，它们的行政编制总计24名，工勤编制6名。每个分局的编制和领导职数分配如下：
红山区分局：行政编9名，工勤编2名，科级领导1名正职，2名副职。
松山区分局：行政编9名，工勤编2名，科级领导1名正职，2名副职。
元宝山区分局：行政编6名，工勤编2名，科级领导1名正职，2名副职。