法律分析：招标文件与备案合同不一致的情况，在依据招标投标文件订立合同（一般此合同为本案合同）后，不得再行订立违背合同的其他协议。此时合同才是双方的真实意思表示，应当以合同为准。如果指的是备案施工合同与未备案施工合同的冲突，要根据合同签订时间，以及是否需要走招投标程序分别确定。
法律依据：《中华人民共和国建筑法》
第十八条 建筑工程造价应当按照国家有关规定，由发包单位与承包单位在合同中约定。公开招标发包的，其造价的约定，须遵守招标投标法律的规定。发包单位应当按照合同的约定，及时拨付工程款项。
第二十条 建筑工程实行公开招标的，发包单位应当依照法定程序和方式，发布招标公告，提供载有招标工程的主要技术要求、主要的合同条款、评标的标准和方法以及开标、评标、定标的程序等内容的招标文件。开标应当在招标文件规定的时间、地点公开进行。开标后应当按照招标文件规定的评标标准和程序对标书进行评价、比较，在具备相应资质条件的投标者中，择优选定中标者。