支线剧情（新增剧情）：
打败第7个道馆的首领后，出道馆时会有一个人叫住你，要带你去一个岛屿……选定是后，他就会带你上船，然后去一个岛屿（记得带上会冲浪的精灵）。下船后来到PC屋里被告知岛上的电力出现问题，需要两块宝石来修复，所以现在是不能使用电脑的。
1号岛：在北部看见一个山洞，洞内有温泉，泡温泉可以恢复精灵的体力，而且上面的那个老爷爷还会给你6号秘传机器（碎石）。出来后继续往北走，发现一座山。走到山顶，出乎意料，山顶居然有一只火焰鸟（Lv50）！收复它然后回到1号岛的 PC恢复，接着坐船到2号岛。
2号岛：到了2号岛，发现一座特殊的房子（如图），进去之后有事件发生，主人家的小孩去3号岛采集至今未归家所以请求你帮助寻找。在这所特殊的房子左边的那个房子里，可以让精灵学习以前的招式，条件是两个小香菇，一个大香菇（可以从派拉斯身上获得），就和以前心灵鳞片一样。另外这个小岛的山顶上有个人可以教给精灵三种厉害的招式，别错过（只有主角精灵能学）。然后再坐船去3号岛。
3号岛：到了3号岛，看到单车党，单车党与居民发生冲突，后来与单车党交手。解决他们之后，居民为了答谢，送给我礼物！再往西北边走，看见一片树林，在树林里找到了小女孩，突然这时有一只Lv30的素利普跳了出来，打败它之后救出小女孩。把小女孩送回她家。他爸爸为表感谢，送了件礼物给我！再回到1号岛的大型PC里最后被人送回了红莲岛。
通关一遍，抓住超过60种精灵，然后去博士那里升级成386版图鉴，之后到港口坐船去第一个小岛的火焰山，右边有两个火箭队队员，打败他们进入山洞，在山洞中要使用秘传机04怪力推石头后才能到达深处，得到红宝石。回去在1号岛的PC把宝石给博士（如图），便得到船票，之后可以坐船去7个岛。
4号岛：在4号岛一下船就会遇见对手小茂，但说了几句就跑了……值得注意的是，在这个小岛可以养精灵（如图）^_^然后到商店旁边的屋子和里面的人对话，再用冲浪过右面的一个小湖，来到一个冰洞。注意，洞内有些地方需要踩冰，踩两次就会掉到下一层。另外还有滑冰，要利用冰块上的石头转换方向。洞里可以拿到秘传机器07（登瀑布），有个地方要使用登瀑布进去，之后可以遇见四天王之一—冰天王，旁边还有火箭队的人，与其谈话后会发生战斗，赢后会告诉你口令。得到冰天王的感谢后回到坐船那里，出发去5号岛。
5号岛：到达5号岛之后到左上方那里使用冲浪，下水后往左走，登陆之后和如图这个阿伯对话，他会给你一颗蛋（孵化出No.175波克比）。继续前进会到达一个小岛，上面有山洞，洞里边墙四面有洞，是个迷宫，迷宫可以拿5样东西!走法如下（每次都要回到门口才行）：
第1个道具：右-下
第2个道具：右-上-下-上
第3个道具：右-上-下-下-右-右
第4个道具：右-上-下-下-右-左-下-左
第5个道具：右-上-下-下-右-左-下-右-上
走到第5个时会遇到一个女孩，然后把你带回家，发生谈话。之后来到如图地方，和这个人说话，别忘记拿走下面的道具。然后回到岛上坐船去6号岛。
6号岛：到了6号岛，进入PC，就看见小茂。和岛上的人谈话得知，在小岛南面有一扇门无法打开，于是就来到门前。调查那扇门，会出现象形文字（如图），经过研究，知道可以用斩树使门打开。进门后，在最深处找到一块蓝宝石，这时候火箭队一研究员冲过来，把它抢走了……
为了追踪蓝宝石，于是返回5号岛。这时候就可以进入火箭队的研究所（如图），打败研究员后就可以夺回蓝宝石。过后带着蓝宝石回到1号岛的PC屋，将之交给博士。博士就会把通讯机器修理好，现在就可以和宝石版以及NGC的竞技场通讯了……剧情进行到这里，就可以进入超梦山洞了，不过先别着急，还是先坐船到7号岛。
7号岛：到达之后往上走，用冲浪，再往上走，上岸之后来到战斗塔。打过4层之后到顶和这个人对话，中途可以回到1层加血。南面的遗迹里可以捉到No.201安侬。
最后回到华蓝市，在左边山洞口挡路的人已经让开了，进入最深处捕捉超梦吧，有Lv70哦^_^
要到8、9号岛，一定需要神秘船票。或者输入金手指代码02031CF0:3a02，9号岛的；02031CF0:0002，8号岛的。两条金手指分别输入，切记，到达后一定要关闭金手指！
8号岛：这个小岛上有个山洞，沿着山洞的路进去，直到看到一分岔口。往左走，上楼梯，就可以看到一只凤凰（Lv70）；往右走，下楼梯，就可以看到一只洛奇亚（Lv70）。
9号岛：这个小岛除了一个谜题之外就没有任何东西了。你需要做的就是调查那个三角形样的东西，直到它变成红色，这个过程需要最短路程完成，否则就要重新开始。只要你走过去，碰最靠近你的那一边，就可以很容易地完成。当它变成红色的时候，小岛就会摇晃，No.386就会出现，收复它吧^_^
叶绿386全精灵捕捉地点
NO.001妙蛙种子:在常磐森林遇到
NO.002妙蛙草:由NO.001在16级时进化而成
NO.003妙蛙花:由NO.002在32级时进化而成
NO.004小火龙:在华蓝市左方的草地里遇到
NO.005火恐龙:由NO.004在16级时进化而成
NO.006喷火龙:由NO.005在36级时进化而成
NO.007杰尼龟:在真新镇上方的草地遇得几率偏低
NO.008卡咪龟:由NO.007在16级时进化而成
NO.009水箭龟:由NO.008在36级时进化而成
NO.010绿毛虫:在常磐森林遇得,或在华蓝市上方遇得
NO.011铁甲硧:同NO.010,或由O.10在7级时进化而来
NO.012巴大蝴:由NO.011在10级时进化而来
NO.013独角虫:同NO.010
NO.014:铁壳昆:在华蓝市上方遇得或由NO.013在7级时进化而来
NO.015大针蜂:由NO.014在10级时进化而来
NO.016波波:地图大部分区域都有
NO.017比比鸟:浅红市右边和岛3有,或由NO016在16级时进化而成.
NO.018比雕:由NO.017在36级时进化而来
NO.019小拉达:地图大部分地方都有
NO.020拉达:自行车道草地里,或由NO.19在20级时进化而成
NO.021烈雀:地图大部分地方都有
NO.022大嘴雀:自行车道草地里,通往冠军之路的通道,或由NO.021在20级时进化而成
NO.023阿柏蛇:华蓝市左右边,枯叶市右边草地都有
NO.024阿柏怪:冠军之路,或由NO23在22级进化而成
NO.025皮卡丘:常磐森林,无人发电站
NO.026雷丘:对NO25使用雷电石进化而成
NO.027穿山鼠在华蓝市右边草地里遇得
NO.028穿山王:冠军之路,或由NO.027在22级时进化而成
NO.029尼多兰母::尼比市右边,狩猎区
NO.030尼多娜:狩猎区,或由NO.029在16级时进化而成
NO.031尼多后:对NO.030使用月之石后进化而成
NO.032尼多兰公:同NO.029
NO.033尼多卡诺:同NO.030
NO.034尼多王:对NO.033使用月之石后进化而成
NO.035皮皮:月见山遇得
NO.036皮可西:对NO.035使用月之石后进化而成
NO.037六尾:在红莲岛上的建筑物里遇得
NO.038九尾：对No.037使用火之石后进化而来
NO.039胖丁:在尼比市右边的草地里
NO.040胖可丁:对NO.039使用月之石后进化而来
NO.041超音蝠:大部分洞穴里都有
NO.042大嘴蝠:冠军之路,超梦洞穴,双子岛上都有,或由NO.041在22级时进化而来
NO.043走路草:大部分草地都有
NO.044臭臭花:浅红市右边的草地都有,或由NO.043在21级时进化而来
NO.045霸王花:对NO.044使用草叶石后进化而来
NO.046派拉斯:月见山,狩猎区里都有
NO.047派拉斯特:超梦山洞,狩猎区,或由NO.046在24级时进化而成
NO.048毛球:狩猎区,浅红市右边草地都有
NO.049末入蛾:狩猎区,岛3森林里都有,或由NO48在31级时进化而来
NO.050地鼠:地鼠山洞有
NO.051三地鼠:地鼠山洞有,或由NO.050在26级时进化而成
NO.052喵喵:金黄市四个方向的草地都有,或在新岛抓
NO.053猫老大:每个新岛都有,或由NO.052在28级时进化而来
NO.054可达鸭:大部分水域都有用钓竿
NO.055哥达鸭:超梦山洞海面上遇敌,或由NO.54在33级时进化而来
NO.056猴怪:常磐市到冠军之路上都有
NO.057火爆猴:冠军之路,或由NO.056在28级时进化而成
NO.058卡蒂狗:金黄市左右草地都有,或在红莲岛的建筑物里抓
NO.059风速狗:对NO.058使用火之石后进化而成
NO.060蚊香蝌蚪:大部分水域都可以钓到,推荐通往冠军之路的通道上的水域中级或以上钓竿
NO.061蚊香蛙:通往冠军之路的通道上的水域可以钓的中级或以上钓竿或由NO.060在25级时进化而成
NO.062快泳蛙:对NO.061使用水之石后进化而来
NO.063凯西:在华蓝市上方的草地里
NO.064勇吉拉:超梦山洞,或由NO.063在16级时进化而来
NO.065胡地:由064进化而成
NO.066腕力:黑暗山洞,冠军之路遇得
NO.067豪力:冠军之路,超梦山洞,或由NO066在28级时进化而成
NO.068怪力:由067进化而成
NO.069喇叭芽:在金黄市上方养育院上方草地里遇得
NO.070口呆花:在紫苑镇向下走,有两块被树木挡住的草地,劈断树木后在草地可遇得,或由NO069在21级时进化而成
NO.071大食花:对NO.071使用草叶石后进化而成
NO.072玛瑙水母:所有的海面上都可以遇到
NO.073毒刺水母:在岛1海面上钓得,或由NO.72在30级时进化而成
NO.074小拳石:月见山,超梦山洞,黑暗山洞,冠军之路都能遇得
NO.075隆隆石:超梦山洞,黑暗山洞,冠军之路都可以遇得,或由NO.074在25级时进化而来
NO.076隆隆岩:由NO.075进化而来
NO.077小火马:岛1上方草地里
NO.078烈焰马:同NO.077,或由NO.077在40级时进化而来
NO.079呆呆兽:在通往超梦山洞的水上钓得
NO.080呆河马:同NO.079,或由O.079在37级时进化而来
NO.081小磁怪:在无人发电站遇得
NO.082三合一磁怪:无人发电站,超梦山洞,或由NO.081在30级时进化而来
NO.083大葱鸭:狩猎区遇得
NO.084嘟嘟:自行车道草地或狩猎区里遇得
NO.085嘟嘟利:NO.084在31级时进化而成
NO.086小海狮:在双子岛和岛4的冰冻里遇得
NO.087白海狮:同NO.086,或由NO.086在34级时进化而成
NO.088臭泥:在彩虹市中间池塘里遇敌,或在红莲岛的建筑物里遇得
NO.089臭臭泥:由NO.087在38级时进化而成
NO.090大舌贝:红莲岛,真新镇的海面都可以钓到
NO.091鉄甲贝:对NO90使用水之石后进化而成
NO.092鬼斯:在幽灵塔遇得最高64级!汗!在岛5上方山洞遇得
NO.093鬼斯通:同NO.092,或由NO.092在25级时进化而成
NO.094狄鬼:由NO093进化而成
NO.095大岩蛇:黑暗山洞,冠军之路遇得
NO.096素利普:枯叶市右边草丛里遇得
NO.097素利柏:在解救岛3小女孩时可遇见它,然后GET它或由O.096在26级时进化而成
NO.098大钳蟹:浅红市下方海域钓得
NO.099巨钳蟹:由NO.098在28级时进化而成
NO.100雷电球:无人发电厂和上方的草地
NO.101顽皮弹:超梦山洞,或由NO.100在30级时进化而成
NO.102蛋蛋:狩猎区遇得
NO.103椰蛋树:对NO.102使用草叶石后进化而成
NO.104可拉可拉:幽灵塔遇得
NO.105嘎拉嘎拉:冠军之路
NO.106沙瓦郎:与金黄市格斗馆头目战斗后,可以在NO.106与107中选一个
NO.107艾比郎:同NO.106
NO.108大舌头:狩猎区遇得
NO.109瓦斯弹:在红莲岛的建筑物里
NO.110双弹瓦斯:同NO109,或由NO.109在35级时进化而成
NO.111鉄甲犀牛:狩猎区遇得
NO.112鉄甲暴龙:由NO.111在42级时进化而成
NO.113吉利蛋:狩猎区遇得
NO.114蔓藤怪:真新镇下方草地需冲浪
NO.115袋龙:狩猎区遇得
NO.116墨海马:全水域都可钓得
NO.117海刺龙:浅红市到真新镇,岛1的海域都可钓得,或由NO.116在32级时进化而成
NO.118角金鱼:大部分水域都可钓得
NO.119金鱼王:狩猎区,浅红市可钓得,或由NO.118在33级时进化而成
NO.120海星星:红莲岛附近海域可钓得
NO.121寳石海星:对NO.120使用水之石后进化而来
NO.122吸盘魔偶:与地鼠山洞出来后房子里的男孩用凯西交换得到
NO.123飞天螳螂:狩猎区可遇得
NO.124迷唇姐:双子岛可遇得
NO.125电击兽:无人发电厂可遇得
NO.126鸭嘴火龙:火焰山得草地里
NO.127大甲:狩猎区可遇得
NO.128肯泰罗:狩猎区可遇得
NO.129鲤鱼王:所有水域都可钓得
NO.130暴鲤龙:任何水域用高级鱼杆钓得,或由NO.129在20级时进化而来
NO.131乘龙:西鲁夫公司员工给的
NO.132百变怪:浅红市右边草地,超梦山洞
NO.133依布:狩猎区可遇得
NO.134水精灵:对NO.133使用水之石后进化而成
NO.135雷精灵:对NO.133使用雷电石后进化而成
NO.136火精灵:对NO.133使用火焰石后进化而成
NO.137三D龙:无人发电站可遇得
NO.138菊石兽:冠军之路可遇得
NO.139菊石多刺:由NO.138在40级时进化而成
NO.140化石盔:冠军之路可遇得
NO.141镰刀盔:由NO.140在40级时进化而成
NO.142化石翼龙:冠军之路可遇得
NO.143卡比兽:紫苑镇下方,彩虹市西方,用精?/ca>
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