1、意义不同
跪谢：跪着道歉。
拜谢：行礼表示感谢；十分感谢。
2、出处不同
跪谢：《汉书·赵广汉传》：“ 广汉 跪谢曰：‘幸全活郎，甚厚！’”
白话释义：广汉跪谢说：‘侥幸保全郎，很好！’”
拜谢：《韩非子·外储说左下》：“解狐荐其雠於简主以为相，其雠以为且幸释己也，乃因往拜谢。”
白话释义：“解狐举荐他的仇人在赵简子认为相，他的仇敌以为幸运释放自己的，于是就去拜谢。”
3、用法不同
跪拜是将就身份地位和辈分的，多谢可以对任何人用，但跪拜只能是晚辈对长辈，臣对君，平民对官，场合上除了朝堂没有太大区分。
跪谢和拜谢的本质区别就是行礼双方的地位不同使用方法也不同。
参考资料：百度百科-跪谢
参考资料：百度百科-拜谢