一、 体制性质不一样
中国农业银行（下称农行）是全国性质的国有统一法人的银行，各省市县级分支行是农业银行的直属分支机构。目前农行是国有控股商业银行，是四大国有独资商业银行之一，是中国金融体系的重要组成部分。
农村信用社（下称农信社）是集体性质的，它是通过央行批准设立，由所属地方政府和农村集体、以及公司企业和个人组成的集体性质的金融机构。各级乡县镇都是独立法人的，是独自经营的，因此农村信用社没有全国统一的管理机构，大多是以县级为单位的，各自相互独立。
二、 各地农信社招牌标识不一致
农行是全国统一法人的，所以他的招牌标识都是一致的。但是农信社由于它的组成性质的复杂性，各个地方农信社的法人不一致，因此它的招牌标识也会不一致。目前来说部分省市或者直辖市对辖内的农信社系统统一了logo标识，有的省份可能都没有做到这一点。
三、 网点分布以及面向的主要客户群体不一致
农行在全国各地均有网点分布，是我国的四大行之一，规模大，实力雄厚，面向的客户偏向于农村，但是相比于农商行更加广泛和多样化。而农商行，主要是分布在农村以及乡镇，面向的客户主要是这些地方的乡镇人群，它的作用范围比农行更加的小。
四、 经营管理不一致
就具体业务来说，农业银行是具有信用创造功能、能向客户提供多种金融服务的综合性金融机构，而农信社功能比较单一，主要资金来源是合作社成员缴纳的股金、留存的公积金和吸收的存款；货款主要用于解决其成员的资金需求。总的来说银行的管理、人才、科技、业务种类等都要优于农信社；农行已处于现代金融业的前端，农信社还处于后发展的传统银行业阶段，粗放经营，甚至好多农信社还不能办理国际金融业务。农信社目前也在整治改善，不断的完善业务类型，提高服务质量，目前基本都有了银行卡业务、银行承兑汇票业务、理财产品等等。
五、 资产规模有差异
农行作为我国的四大行之一，它的资金储备量充足，实力雄厚，网点遍布全国，规模很大，然而农信社他们击中分布于乡镇地带，并且，由于它的乡县之间是不互通的，因此实际上的农信社是规模很小的，资产也比较受限。只是统称为农信社的机构比较多。
农村信用社和中国农业银行的区别，主要在于组织结构、经营模式、资产规模三个方面：
1、组织结构不同
农村信用社原来隶属于农业银行管辖，在1996年《关于农村金融体制改革的决定》中，明确农村信用社与中国农业银行脱离行政隶属关系，农村信用社的业务管理和金融监管方面由县联社和中国人民银行承担。
农业合作社即使是属于银行类金融机构，但也是基于合作制基础上吸收股份制运作机制形成的股份合作制的社区行地方金融机构，是由农民入股组成，实行入股社员民主管理，主要为入股社员服务的合作金融组织，是经中国人民银行依法批准设立的合法金融机构；
而中国农业银行则是按照公司之列形成组成的股份制企业，是我国四大国有独资商业银行之一。
2、经营模式不同
在具体业务上，农村信用社的功能比较单一，主要的资金来源是社员缴纳的股金、吸收的存款和留存的公积金，借贷也主要是解决社员的资金需求；
而中国农业银行则具有创造功能，能为农户提供多种服务的综合性金融机构。在职责上，跟中国农业银行多元化经营业务相比，农村信用社更多负担着农业生产、农村发展的重担。
3、资产规模不同
农村信用社虽然跟中国农业银行不同属于一个级别，但在资产规模上，农村信用社的网点分布可要多很多，对组织和调节农村基金，支持农业生产和农村综合发展起到很重要的作用。
农村信用社和中国农业银行都是我国金融体系的重要组成部分，都在为我国农业生产提供相关的金融服务，但在运营模式、结构体系和资产规模上还存在很大不同的。
参考资料来源：百度百科—农村信用合作社
参考资料来源：百度百科—中国农业银行