我国水体污染现状不容乐观，有关资料显示，我国每年约有360万吨生活污水和工业废水流入江河湖海，其中95%没有经过任何处理，还有1?5亿吨的粪便污水。全国90%以上城市水域污染严重，近3亿城市居民正面临水污染这一世界性问题。据2007年《中国环境状况公报》称：全国地表水污染依然严重。七大水系总体为中度污染，其中，珠江、长江总体水质良好，松花江为轻度污染，黄河、淮河为中度污染，辽河、海河为重度污染。
例如，山西省长治市30万人饮用的主要水源漳泽水库由于严重污染已不能继续使用，被迫另建水厂，远距离引水。漳河水严重污染，襄垣县河段水样呈黑色，水中多种有毒物浮而不沉，化学耗氧量超标100％，生化需氧量超标50％，氨氮含量超标66?7％，挥发酚超标16?7％，氟化物超标20％。仅襄垣县就有1万多人饮此河水，两个乡凡饮用河水的群众都感到异味，40％的饮水群众患肠道腹泻、粉牙、掉牙现象严重。
在28个国家监控重点湖(库)中，满足二类水质的2个，占7?1%；三类的6个，占21?4%；四类的4个，占14?3%；五类的5个，占17?9%；劣五类的11个，占39?3%。其中，太湖：总体为劣五类，太湖环湖河流水质总体为中度污染；滇池：总体为劣五类，滇池环湖河流水质总体为重度污染；巢湖：总体为五类，巢湖环湖河流水质总体为重度污染；其他大型淡水湖泊：镜泊湖、洞庭湖、鄱阳湖和兴凯湖为四类，南四湖为五类，白洋淀、达赉湖和洪泽湖为劣五类；城市内湖：除昆明湖（北京）为三类外，西湖（杭州）、东湖（武汉）、玄武湖（南京）、大明湖（济南）均为劣五类。
全国近岸海域水质总体为轻度污染；近海大部分海域为清洁；远海海域水质保持良好。全国近岸海域一、二类海水比例为62?8%，比上年下降4?9个百分点；三类为11?8%，上升3?8个百分点；四类、劣四类为25?4%，上升1?1个百分点。四大海区近岸海域中，南海、黄海近岸海域水质良，但珠江口和胶州湾为重度污染；渤海为轻度污染，但辽东湾和渤海湾为重度污染；东海为重度污染，长江口、杭州湾为重度污染。赤潮：全海域共发生赤潮82次。其中，有毒赤潮为25次。具体分布为渤海7次、黄海5次、东海60次、南海10次；累及面积11610平方千米，其中有毒赤潮面积1906平方千米。全年赤潮灾害造成直接经济损失600万元。