半条命1：前奏（发生时间1995年）
黑山实验室位于美国新墨西哥州，这里曾经是个导弹发射基地。这里正在从事着一项秘密工程，通向异次元空间的大门被打开，人类的科学家们将看到门另一边的陌生世界（XEN世界）。
与此同时，星际联盟（Combine）帝国入侵并控制Xen星球，并最终使之成为其奴隶种族。星际联合军利用他们的科技消灭了Xenians。并利用科技与被Xen称作伏地冈人（Vortigaunts）的优势人种杂交制造出一种称为“Super soldier”（超级战士）。这些超级战士不但能够适应Xen星球的环境而且还具有星际联合军强大的科技。这些超级战士有效的掌控了整个星球。星际联合军还贿赂了一些种族来作为星球的所谓的领袖来怂恿其他人迎合Combine的需求。这些所谓的领导人在Xen被称为Nihilanth（虽然并不知道这些人是不是属于优势种族）。在地球上以后的那个领导人就是布林博士（Wallace Breen）
半条命1：灾难开始（发生时间2000年）
游戏最初的时候，我们可以很明确地看出黑山研究所的研究人员希望将层叠共振实验成功。Half-Life里的一封信这样写道：管理者曾一再强调实验样本的重要性，然而在初步试验中就出现了异常波动的光谱分析，同样，实验中用到的分光计按规定只能调到80%的功率，但却被研究人员被调到了105%。
当时，黑山研究所的研究人员在实验中运用了一种叫做“心灵传输”的技术。于是一个相邻的世界，也就是我们提到的Xen，被意外地发现了。为了将试验进行到底，Xen很自然的成为了一个中间站，一些勘探小组被送往这个世界采集实验所需样本。然而，科学家们最终决定背弃所谓的社会道德，进一步对样本进行决定性的测试。这样心灵传输领域的一个新理论诞生了，科学家们也随即放弃了先前以Xen为中心的研究计划，并切断了与勘探小组的联系。
当弗里曼将样本推入光波的一瞬间，层叠共振发生了，其结果导致了地球与Xen两个空间的合并，大量的外层空间生物闯入了这个混合体之中。虽然负责本次实验的Keller博士在事故后关闭了地球与Xen之间的这道裂缝，但还是于事无补，巨大的灾害已经成为事实，而且更糟糕的是那些外空间生物也掌握了这项技术，正在逐步向人类逼近。
但是有很重要的一点也要注意，其实Xen上居住的生物本身是不具有危害性的，即便是它们被突然间传送到一个陌生的世界也不会有异常表现，但是它们并不代表着所有生物。Xen上并不只有一个种族，而是群居着好几个种族。那些野种，比如猎头蟹, 狗眼，他们相当野蛮，想做什么就做什么。另外还有一些有知觉的生物，比如伏地冈人, 它们是标准的奴隶，从他们手腕、脖子上戴着的枷锁可以看出它们是被一些更强大的生物（Nihilanth）所控制。
事实上，这次事件导致了整个人类种族的衰退。这次事件是由布林博士挑选的一些特殊的样本所引起的。
戈登弗里曼的上司即弗里曼的推荐人或者称为主办者，在半条命1的开头片段中，电脑上显示“主办者：机密”。这个神秘的人物很有可能是G-MAN，已预见到未来事件的发生并引导戈登弗里曼进入实验室。
黑山基地是弗里曼第一次非官方的任务。G-MAN确保这次辐射之后唯一的幸存者是穿着HEV的弗里曼。黑山事件正是弗里曼的“入学考试”。
戈登弗里曼杀死了XEN的首领Nihilanth并从星际联合军手中解放了Xen星球，同时也让星际联合军了解到了地球的存在。
现在XEN的居民已经自由了。然而星际联合军发现了戈登弗里曼在Xen上，并找到了他未关闭的传送入口。这让星际联合军发现了地球的存在并计划入侵地球。
不过你必须意识到在Xen和地球之间的那扇时空传送门在半条命1最后并没有关闭。
弗里曼受雇。在半条命1结尾G-MAN给弗里曼选择是为他工作或者死。半条命2假设你选择了为G-MAN工作，至此G-MAN把你放入了“Slow-time-warp”（时空停止装置，在其中Gordon新陈代谢是停止的），等到需要的时候再将Gordon唤醒。
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