“系统”一词由来已久，在古希腊，米利都学派的泰勒斯就已经把宇宙看成一个自我循环的自然总体。毕达哥拉斯则认为人是一个整体，而且与宇宙整体同构，认为人是小宇宙，是大宇宙的缩影。由留基伯-德谟克利特-伊壁鸠鲁创立的原子说，把宇宙分为若干层次，而把原子视为其最基本的要素，并试图从世界统一性、整体性和一体性的角度来回答世界的本原问题。赫拉克利特在《论自然界》一书中说：“世界是包括一切的整体。”德谟克利特则著有一本历史上有记载但却未能流传下来的著作，书名是《宇宙大系统》。据推测，这可能是最早使用“系统”一词的西方哲学著作。到了近代，一些科学家和哲学家常用系统一词来表示复杂的具有一定结构的整体。在宏观世界和微观世界，从基本粒子到宇宙，从细胞到人类社会，从动植物到社会组织，无一不是系统的存在形式。系统时时处处可见：一台机器、一个工厂、一个企业、一定自然条件下的植物群落、一个组织、一个国家等等，都可视为一个系统。但是，传统的系统理论，与“元素说”无法划清界限，而且其理论还建立在“元素说”的基础上，所以，他们所说的系统，在概念上更多是立足于集合论。
系统思想产生革命性变化，起源于黑格尔开创辩证法。进入现代后，系统思想在一定程度上受到了19世纪辩证法哲学思想的影响。辩证思想中那种有机地相互作用、相互联系的整体性思维方式，潜移默化地渗透到了20世纪初科学理论与科学工程实践中，促成了系统论的诞生和发展。
第一个阶段，20世纪30年代，一般系统论的诞生
作为一种哲学方法论，一般系统论是由美籍奥地利理论生物学家贝塔朗菲(L. V. Bertalanffy)于1937年在芝加哥大学的一次讨论会上首次提出的。贝塔朗菲批评了当时关于生命体本质“机械论”和“活力论”的片面性观点，指出生命的本质在于它是一种由多个部分相互作用而形成的有机整体。他率先建立起一种“机体系统论”。1948年，机体系统论进一步发展成为著名的“一般系统论”。
贝塔朗菲认为，每一种学科或者科学都有一个模式，这个模式可用来反映现实世界某些方面的概念结构。没有一门学科可以垄断全部知识，因为每门学科只不过反映现实世界的某一小部分而已。但是，各门学科有相似之处。一般系统论的任务，就是要找出各门学科的类似性，并概括出一种理论框架，也就是建立普遍适用的理论体系，来描述现实世界的各种关系。
再进一步，贝塔朗菲指出，所有学科都具有的类似性包括三个方面：①对整体或有机体的研究；②有机体趋向于一种“稳定状态”，也就是取得平衡；③所有系统都具有开放性，即有机体受它所处的环境影响，同时又对环境施加影响。一般系统论的这种观点对系统管理理论的形成起到了至关重要的作用。
第二个阶段，20世纪40～20世纪50年代，信息论、控制论的形成与发展
1948年，由美国数学家、通讯工程师申农(C. E. Shannon)和韦弗(Warren Weaver)建立了信息论。最初人们所注意的主要是它在通讯工具和自动化控制工程中的作用，对于社会科学和管理科学似乎没有什么重要价值。但是，随着计算机的发展和它在管理科学中的应用，信息论逐渐显现出它在社会科学以及管理科学方面的应用价值。
信息论发表的同一年，美国著名的数学家诺伯特?维纳(Norbert Wiener)出版了《控制论》一书。正如维纳本人所说:“从我对控制论感觉兴趣开始，我就已经完全领会到，我发现的那些可以用在工程学和生理学上的有关控制和通讯的想法，也可以用在社会学和经济学方面。”果如其言，自20世纪50年代以后，有关管理学的书籍几乎无一不涉及信息、反馈和控制论，以致人们认为，管理学因此而真正进入了科学化阶段。
第三个阶段，从20世纪60～20世纪80年代，系统理论的深化和实践运用
在基础理论方面，这一阶段，自组织理论诞生，推动着人们从动态的角度更深入地研究一般系统的概念和原理。自组织理论运用了实验和数学的方法，着眼于系统的产生、进化、质变、发展以及自调节、自稳定、自复制和自评价、自选择等等问题。自组织理论的代表较多，典型的有比利时化学家普利高津(I. Prigogine)的“耗散结构理论”，德国物理学家哈肯(H. Haken)的“协同学”，德国生物化学家艾根(Manfred Eigen)的“超循环”理论，还有与实验科学结合更密切的突变论、混沌论、分形理论等有关非线性复杂系统的数学理论等等。
在技术和工程领域，系统工程快速地向社会实践领域深入。在系统工程的基本方法上，出现了像系统工程方法论、系统动力学、灰色系统理论和泛系统理论等一般系统工程方法。这些理论和技术方法向实践领域的深入，形成了大批系统工程的运用领域和分支学科。
