熙十二年（1673年）春，撤藩的机会来了。这时尚可喜首请归老辽东，而欲使其子尚之信继续留镇广东。康熙帝抓住这个机会，即命其父子率属下兵丁家小同撤。吴三桂、耿精忠闻之，也奏请撤藩，目的在于试探清廷的态度。当时朝中大臣畏惧吴三桂的武力，多数人都不敢主张应允。而康熙帝则毅然作出决定，吴、耿二藩也一齐全撤。 撤藩之令既下，吴三桂首先于这年十一月杀云南巡抚朱国治反，自称天下都招讨兵马大元帅，蓄发，易衣冠，发布檄文，倡言“兴明讨虏”，呼清皇帝为满酋。吴三桂想以恢复明朝作幌子，用以收拾人心，但其背叛明朝的行为早已昭昭于人耳目，所以恢复明朝的旗帜并不能骗人，不但得不到广大汉族人民的同情和支持，甚至连明朝尚存的遗老也无人出来理睬他。不过，吴三桂的发难，也鼓动起一个很大的反清浪潮。吴三桂军以破竹之势，由云、贵直冲湖南，长驱至岳州，湖南全省尽为占有。吴三桂又分军犯四川，四川提督郑蛟麟、巡抚罗森、总兵谭宏及吴之茂均降，四川全省皆下。于是，云南、贵州、湖南、四川四省尽入吴三桂之手。吴三桂兵锋甚锐，一时响应者四起，在福建有靖南王耿精忠，在广东有总兵刘进忠、平南王尚之信，在广西有将军孙延龄，在陕西有提督王辅臣，在湖北襄阳有总兵杨来嘉，在河南彰德有总兵蔡禄。这样一来，中国西南全部和东南沿海地区以及中原、西北一带，都骚动起来，战火弥漫十数省。 但是以吴三桂为首的反清阵营是虚弱的，内部互相利用，矛盾重重，经不起持久的军事攻击与政治瓦解。而且吴三桂一开始即在战略上犯了保守主义的错误，以致陷于被动地位。 当他以锐不可当之势占领湖南全省时，却立即收住了攻势，不再渡江前进，扩大占领地区，乃转而在湖南采取守势，沿江布置防御工事，与清军对峙，结果不能出湖南一步。因为吴三桂骚动的目标，即趋向在西北陕甘和东南闽浙，遂遣兵一由长沙犯江西，企图与耿精忠合；一由四川犯陕西，企图与王辅臣会合。这样一种打法，就给予康熙帝 以调兵遣将、从容布置应付的机会。 相反，康熙帝在应付这一事变中却表现出他的雄才大略。 他看出主要的叛变者是吴三桂，所以所采取的对策是，坚决打击吴三桂，决不给予可以进行妥协讲和的机会，而对其他的叛变者则大开招抚之门，只要肯降，不咎既往，以此来分化敌人，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大兵至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手利用汉将汉兵来应付作战，使其充分发挥作用。 康熙十五年（1676年），陕西的王辅臣和福建的耿精忠先后投降清朝。次年，广东的尚之信也投降于清。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削，而清岳乐之军已由江西进围长沙，其失败之势已成。康熙十七年（1678年），吴三桂已起兵6载，年已67岁，为排除胸中苦闷，乃于这年三月在衡州称帝，立国号周，建元昭武，大封诸将。但这是 吴三桂穷蹙绝望的表现，未几即忧愤成疾，这年八月病死。吴三桂一死，其势即土崩瓦解。清军得到吴三桂水师将领林兴珠的献策，乃击败吴应麟，攻下岳州。以后占据四川，进攻云贵，主要也是依赖汉将赵良栋、王进室、蔡毓荣、董卫国等的力量。康熙二十年 （1681年）冬，清军进入云贵省城，吴三桂之孙吴世藩自杀。历时8年，波及十数省的三藩之乱，终于被削平了。〕平定三藩，清廷才真正在关内完成了统一，稳定了统治权，从此之后，才建够开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
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