毛泽东指出：这场持久战将经过3个阶段：“第1个阶段，是敌之战略进攻、我之战略防御的时期。第2个阶段，是敌之战略保守、我之准备反攻的时期。第3个阶段，是我之战略反攻、敌之战略退却的时期。”毛泽东着重指出，第二阶段是整个战争的过渡阶段，“将是中国很痛苦的时期”，“我们要准备付给较长的时间，要熬得过这段艰难的路程”。然而，它又是敌强我弱形势“转变的枢纽”。毛泽东强调“此阶段中我之作战形式主要的是游击战，而以运动战辅助之”。“此阶段的战争是残酷的，地方将遇到严重的破坏。但是游击战争能够胜利”。
为了实现持久战的战略总方针，毛泽东还提出一套具体的战略方针。这就是在第一和第二阶段中主动地、灵活地、有计划地执行防御战中的进攻战，持久战中的速决战，内线作战中的外线作战；第三阶段中，应该是战略的反攻战。毛泽东特别强调游击战争在中国抗日战争中的重大意义，他在《抗日游击战争的战略问题》一文中对它作了更全面、详尽的论述。
在《论持久战》中，毛泽东还强调了“兵民是胜利之本”。他说：“武器是战争的重要的因素，但不是决定的因素，决定的因素是人不是物”。“战争的伟力之最深厚的根源，存在于民众之中。”只要动员了全国老百姓，就会造成陷敌于灭顶之灾的汪洋大海，造成弥补武器等等缺陷的补救条件，造成克服一切战争困难的动力因素。