第1集：云霄飞车杀人事件 黑衣组织 主线情节：新一和小兰在游乐园碰到了杀人事件，迅速解决此案后，新一发现了行踪诡秘的伏特加（Vodka），跟踪继而发现了Vodka在进行黑吃黑的非法交易。然而过于集中注意力的新一没有发现如幽灵般出现在身后的琴酒（Gin），被一棍打翻后灌下了APTX4869,继而变小，10年的柯南也因此展开。 看点：1 小兰的空手道（一拳将电线杆给击碎），超级野蛮女友。 2 GIN的登场。金色长发，黑色风衣，如果说新一是上帝的天使，那么GIN就是被流放的撒旦之子。也许动漫史上也很难找出能与他比肩的反面角色了。（望月寝室里的男生们自从看了柯南以后，天天模仿GIN的口吻发出一声声低沉的冷笑，然后再说：“Sherry````”）所谓人生得一知己难求。然而得到一个旗鼓相当的对手难道不是更难求吗？我们的柯南有了这样的对手，不知道是幸福还是悲哀。不过个人感觉那个时候TV的画风好像还比较幼稚，大家可以仔细看看GIN的眼神，完全没有到了第二、三部时那种让人不寒而栗的阴冷。 3 阿笠博士古怪的发明。感觉这个博士真是……怎么说呢？凭他后来给柯南发明的那些东西，个人感觉即使给他颁10次NOBEL奖都不过分，然而这样一个天才的博士，却仍然保持着一颗童心，胸无城府，做事颠三倒四。不过也许正是因为这样，新一才会和博士成为忘年之交，而灰原哀也才会把博士当成自己唯一的亲人吧。 评价：故事本身的推理没有什么可讲（而且由此开始，以后只要每次涉及主线情节，青山都会加进一个和主线毫不相干的案件），只是对GIN的处理方法略有微词：老大，虽然你知道开枪的声音会引来警察，难道你就不会套上个消音器吗？干吗还要傻傻地去灌什么毒药。GIN的一个托大，无意间便给组织在未来的日子里添了一个超级难缠的角色！奉劝所有致力于走黑道的漫迷，以后一旦你们把敌人逼入了死路，一定要用最简单干净的方法处理敌人并亲眼看着他在你面前停止呼吸5分钟…… 结局: 青山终于透露了柯南结局 “近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。 “根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。 “而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’ 官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！！ 阿笠博士的真面目 黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。 事情是这样的，工藤优作原先就 怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和 新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的 同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。 其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排 一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以 后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。 青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
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