在宋高宗之后，宋、金两国发展相对稳定。金国也有几次南侵，但大都半途而废，而南宋在孝宗年间也进行了北伐，但也未能收复国土。 在1164年12月，张浚北伐失败后，签订《隆兴和议》（又名《乾道和议》），把原本向金称臣改为叔侄关系，即金为叔，宋为侄，金改诏表为国书，岁贡改为岁币，减少了贡献，并割让秦州及商州，维持疆界。绢贡献由二十五万匹减至二十万匹，岁币减至二十万银两。此后南宋内乱不停。
金灭亡之后，南宋没有换来一时的安宁，反而面对更为强大的蒙古。灭金之后，南宋想趁蒙古退兵之际，收复被蒙古占去的土地，但南宋一直以和为主，并无强大的军事力量，所以虽出兵但未达到预期目的。南宋的这一举动反而成为蒙古南侵的借口。公元1235年，蒙军首次南侵，被击退。于次年和第三年两次南侵，其前部几乎接近长江北岸。
由于宋军英勇作战，打败元军，再一次挫败元军度江南下的企图。而后，南宋军民又在抗蒙将领孟瑛、余介等人的指挥下，多次击败蒙军，使其不得不企图绕道而行。公元1259年，蒙古大汗蒙哥死于军中。其弟忽必烈正于鄂州与宋军交战，听到消息后，立即撤军以便夺取大汗之位，但南宋佞臣贾似道不但不遣军南追，反而使人向蒙古求和，以保太平，使蒙军得以顺利退回北方。
至元十三年正月十八（1276年2月4日）元军攻占南宋行在临安（杭州），俘5岁的南宋皇帝恭宗。此时的南宋全境已纳入元朝版图，但是南宋残余势力陆秀夫、文天祥和张世杰等人连续拥立了两个幼小的皇帝（端宗、幼主），成立小朝廷，元军对小皇帝穷追不舍，不断逃亡至南方，经过香港，端宗因病逝世，而另立幼主，逃至新会至南海一带。文天祥在海丰兵败被俘，张世杰战船沉没，走投无路的南宋残余势力终于在至元十六年二月初六（1279年）3月19日随着崖山海战失败，陆秀夫负刚满八岁的小皇帝跳海而死而覆亡。
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