1、给学生更多自由选择的空间。
在让学生自由探索的同时，元培学院通过多种形式为同学们提供指导。每年开学前，元培学院的新生会提前一周到校参加“新生训练营”。
学院邀请全校各专业院系的一流教授为同学们讲解各专业的特色，同时开展素质拓展、心理咨询等活动，让大家在正式进入大学学习之前就对学术、人生有所思考。
在第一学期开设的新生讨论班中，学院将根据学生的初步学科意向组织不同类型的讨论班，邀请相关领域的多位老师带领大家讨论学科的一些前沿问题。
2、设置面向未来的交叉学科专业。
为了打破学科的界限，培养真正能够引领未来的杰出人才，元培学院相继设立了“整合科学”，“数据科学”两个交叉学科专业。
“整合科学”在整合数学，物理，化学和信息科学等学科，注重其在生命科学上的交叉与融合。“数据科学”整合数学，计算机，统计学等学科，注重其在金融，医疗，自然语言处理等领域的应用。
3、建立通识教育核心课程体系。
“通识教育乃是体验，学习人类千百年来积淀下来的伟大思想，对同学们未来在各行各业的发展将大有裨益。”在9月16日元培学院通识教育核心课程开课仪式上，作为曾经的第一任元培计划管理委员会主任，林建华校长对元培学院通识教育核心课程的建设寄予了厚望。
2014年以来秋季学期以来，元培学院计划逐步开设“文学人文经典”，“社会思想经典”，“艺术与审美”，“科技史”四门通识课程，同时以通识教育课程的模式重新建设四门本科生政治课程，搭建起一整套采用“大班授课、小班讨论”模式的通识教育核心课程体系。
4、以学生为中心。
作为一个学生自治组织，元培学院学生学术委员会按专业划分了八大学会，与按工作职能划分的四个部门相互配合开展工作。在教学改革中，学生学术委员会负责新生讨论班的日常运营，收集同学对英语课，政治课和讨论班的意见和建议。
区别
元培学院招生与其他院系不同，实行低年级不分专业，按文理两大类招生。学生在全校的学科范围内选择和安排自己的课程与知识结构；在导师指导下根据自己的能力和志趣在全校各个院系的各个专业中自主选择专业。
北京大学元培学院名字不霸气，录取分数线却很高。有一年学校录取了河南理科榜眼，以及某省文科第三名。元培学院是为那些在上大一还不明确自己想学什么的学生准备的。对学生的独处能力要求很高。