新三板是北交所的全国股权交易中心，EQ是上海区域股权交易中心，深圳前海是深圳区域股权交易中心。区别主要是：
交易包括范围，新三板是全国性交易，EQ前海是区域股权交易
交易场所地位不同，根据《国务院办法》，新三板是全国证券市场，地位是上交所深交所级别，EQ前海属于区域性场外交易场所
交易方法不同，新三板使用做市商制度和做市/协议分层交易制度，而EQ前海按照规定只能采用非完全公开的协议转让制度。
建立背景不同，新三板主要是为了解决全国中小微企业融资难问题，EQ前海更多的是给小微企业提供一个展示平台。