在操作波峰焊机时，若按波峰焊操作规程进行操作，波峰焊对人没什么危害，若不按操作规程操作，不注意劳动防护，可能对人体会造成的危害有挥发的废气对人造成的危害、机械性夹伤、热熔锡对人体造成烫伤、电击的危害。
一、波峰焊挥发气体对人体的危害
这个波峰焊对人体的危害也是人最为担心的，当时没感觉什么事，操作时间久了就会出现职业病。波峰焊运行时助焊剂会挥发废气，有铅锡条里面的铅蒸发，这两种废气都会对人体有严重的危害。一般情况只要防护得当对人体在短时间无明显危害，但部分锡盐以及是长期接触锡粉尘可导致锡肺的发生，而且可以有神经毒害！故如果长期接触锡粉尘需要注意防护，尤其保护呼吸道，部分锡盐如四氯化锡还要保护皮肤不要于之接触！ 不过一般波峰焊都有外壳防护和排气装置，废气都会排出室外。
波峰焊助焊剂喷涂。若操作波峰焊时闻到有难闻刺鼻的气味，一定要跟管理人员反映更换波峰焊排放装置，使废气能够完全排除室外。若在经常操作波峰焊环境中工作，建议至少每年做体检，并特别要做重金属一类的检测。同时，也要自己做好防护，比如口罩，手套，尽可能不直接接触可能有污染的物料。
二、波峰焊机械性夹伤危害
波峰焊机械性夹伤的危害，通常是指波峰焊导轨运输链条可能会对波峰焊操作人员的手指造成夹伤。波峰焊运输部位一般都贴有明显的警告提示，不要把手指放入运输链条内就不会造成夹伤，波峰焊出现故障应该把波峰焊关停，用工具操作排除故障，也不要把手指等人体部位放入波峰焊运输部分。一般波峰焊操作规程都有特别提醒，严格按照波峰焊操作规程操作就不会出现这样的危险。
三、波峰焊炉内热熔锡的危害
波峰焊炉外面都有波峰焊的机壳保护着，波峰焊运行时，锡炉内的热熔锡能达到好几百度，所以波峰焊运行时不要把波峰焊机壳打开靠近波峰焊锡炉，避免电子元件落入锡炉造成炸锡热熔锡溅到人的身上造成烫伤，清理波峰焊锡炉时要穿戴好防护服再进行操作。
四、操作波峰焊电击的危害
波峰焊设备连接的动力电源是380V高压的交流电，波峰焊控制部分在带电状态下不要打开，有波峰焊故障一定要打开波峰焊控制部分，一定要先彻底关闭波峰焊电源才能操作。注意检查有破损裸露的电源线，一定要及时更换。正常操作波峰焊就不会造成电击对人体的危害。
总之，操作波峰焊作业时一定要严重按照波峰焊操作规程进行操作，做好劳动防护。这样就不会对人造成危害，建议波峰焊操作工要定期到医院做一次体检预防有职业病的发生。
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