南科大在本科教学上实施了一项创新实验，即借鉴中科大少年班的模式。新生入学后，前两年的课程安排注重基础知识的强化，包括数学、物理、化学、生物、计算机基础以及英语等六门基础课程。此外，还有若干门科技创新素质课程，以及教育部规定的其他课程。课程采用全英文教学，以提升学生的语言能力和国际视野。
后两年的学习更为个性化，学生可以根据自己的兴趣和能力选择由各研究所（室）和中心提供的专业课程。他们将在研究所进行专业研究实习，这种方式鼓励"在研究中学习"，实现以学生为中心的教学理念。学生在完成学分后即可毕业。
在学科建设上，南科大设有理学部和工学部，未来可能会增设经济管理学部和人文社科学部。学部下的研究室（所）和研究中心既是本科生的专业课程基地，提供个性化课程，并接纳本科生进行科研实习，同时也是前沿学科研究的重要平台。
对于研究生教育，南科大依托研究室（所）进行培养，积极借鉴国际先进经验，探索学科建设和研究生培养的新模式，旨在培养具有创新精神和实践能力的高级人才。
南方科技大学南方科技大学(South University of Science and Technology of China)简称南方科大(SUSTC)。学校位于中国深圳。南方科技大学是深圳“举全市之力”建造的一所创新性大学，同时也是国家教改综合实验校。学校近期将自主招收高二学生，自授各类学位和文凭。南方科大首期招收50名学生，学费全免，每年对学生补助1万元，学校师生比控制在1：8左右。学校充分发挥深圳的“敢闯”精神，以建设研究型大学为发展目标。建立亚洲一流的研究型大学，参照模板是建校不到20年便跻身世界一流名校行列的香港科技大学。学校以“自主招生”、“自授学位和文凭”的方式进行教改，成为中国第一所从教育部手中收回办学自主权的高校。