本文章最初发布于知乎：
http://www.zhihu.com/question/33880712/answer/57488455 应部分读者之要求转换为简化字，发布至此。图片略，开头部分有一些改动。
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回答：
近郊通勤铁路的建设以及运营水平。
来看几张线路图就知道了。
我们看看关西的阪急，巧克力色的阪急。百余公里的线路，连接京都，大阪和神户三座关西主要城市，绝大部分均竣工于二战之前。
阪急在大阪的北边。而大阪南边的，南海本线从难波到和歌山市，六十余公里的线路，1903年贯通，1911年全线电气化，1922年全线复线化。旁边的高野线，也是在三十年代前就全线通车的线路。
南海和阪急都是关西的大手私铁。国铁的表现如何呢？东京国铁线路的框架，也就是环状的山手线，以及往东南西北延伸的其他线路，在三十年代已经成型。
我们不看人口密集的首都圈和关西，去看看九州的福冈好了。西日本铁道的天神大牟田线，一半在1924年通车，剩下一半在1939年贯通。这条线路全线位于福冈县境内，而该县现在的人口也不过五百多万，沿线不少地区还是大片的农田。
在当下，整个中国都没有像样的近郊铁路。坐轨道交通出行，要么是旅速低下的站站乐「地铁」，要么是停站稀少，车次稀疏的国铁。这两者之间的空白，无从填充。
近郊铁路的缺乏，倒不是因为中国做错了什么。要怪，只能怪中国的城市化太晚，没有赶在汽车崛起之前（所以请将脏水泼向清廷）。类似日本和英国这样的国家，其城市化早于汽车普及，发展中的城市渴求交通系统，而彼时的汽车尚在襁褓之中，铁路是他们的唯一选择。所以，不论是十九世纪的英国，还是二十世纪初的日本，都将铁路作为客运的首选。而中国经济发展之时，汽车技术已经成熟，铁路不再是客运的唯一选择。可以说，中国，以及所有在二战之后发展起来的国家，都已经错过了铁路建设的最佳时机。在今日，要补上日本及西欧一百年前打下的基础，是一项昂贵且缓慢的大工程。
中国大城市没能在初期建立良好的通勤铁道系统，等城市成型，一座大城市动辄几百万上千万的人口，建设交通系统则更是难上加难。城市内空间稀少且已经有道路网络，新建铁路往往得走高架桥或是钻隧道，土地昂贵，拆迁麻烦多多，地下线路要避开建筑桩基，地上线路要顶住周边居民的抱怨，种种原因叠加起来，令新建线路的成本居高不下，走线也受诸多限制，不一定能发挥最大效率。
相比之下，日本早期的铁路许多都建设于尚未完全发展的区域，地价低廉且少有阻拦，可以在地面上修成「一直线」。我个人希望的铁路建设，是「那里修了铁路了，我们去那里买房子吧！」，可惜的是，在中国现在铁路建设落后的情况下，很多时候，人们的想法是：「我好久之前就在这里买房子了，赶快给我修条地铁来啊！」
先前写过有关的回答，在这里： 为什么日本的轨道交通发达？ - 知乎用户的回答
而如果说线路建设的迟钝与缺乏是由经济因素导致，那么运营水平的低下，则是因为人们的观念问题。在这方面的一个例子，是上海的十六号线：全长近六十公里，列车最高时速一百二十公里，均接近先前提到的南海电铁南海本线。十六号线开始运营时，有区分快车和慢车，但后来因乘客不满而取消。而在离上海不远处的南京，S1，S8两条线路，均是一头在郊外，一头在市区边缘的近郊线路，但两条线路均没有考虑开行快速列车，十分遗憾。
反观日本，先前提到的关西两家私铁，都早早开通了仅停靠部分车站的优等列车。阪急于1930年开始运行所谓「超特急」，平时途中仅停一站，将京都和大阪间的运行时间压缩到三十四分钟。南海本线于1924年开始运行带有豪华设备的急行列车。关西的京阪电铁于1914年开始运行和普通列车价格相同的快速列车，是日本首家。一百年之后，中国新建的通勤铁道线路上，都少有不同种别的列车在运行，大部分还是站站乐，慢悠悠地跑，所有车站不论客流多寡，一视同仁。
国内对通勤铁道的观念，或许是这样的：在规划和运营上没有考虑快速列车，于是乘客不熟悉快速列车的乘车方式，于是如果有线路开设快慢车（例如上海十六号线），乘客会对其产生不满，于是规划和运营中更不会考虑快慢车，于是乘客对此更不熟悉，恶性循环。硬件基础上的缺陷，也许可以用钢筋水泥一点点填补，但运营思路这门课，规划者们，运营者们和乘车者们不去补，那他们就永远都追不上别人。