综合植物免疫学和分子生物学的研究结果，许多学者提出了植物免疫系统（plantimmunesystem）或植物先天免疫系统（plantinnateimmunesystem）的概念。植物免疫系统对真菌、卵菌、细菌等病原物有两个层次的免疫反应。第一层次识别微生物的广谱性激发子，第二层次识别病原菌的专化性效应子。
植物病原菌和非致病性微生物普遍具有一类广谱性激发子，称为病原菌模式分子（pathogenassociatedmolecularpattern，PAMP）或微生物模式分子（microbialassociatedmolecularpattern，MAMP），它可被植物的模式识别受体（patternrecognitionreceptors，PRR）所侦测和识别，激发第一层次的免疫反应，而不能侦知的则表现感病性。病原菌模式分子是一类保守的小分子，定位于植物细胞的质外体，种类甚多，包括细菌多肽（鞭毛蛋白）、细菌脂多糖（lipopolysaccharide）、细菌和病毒的核酸变异体、肽聚糖（peptidoglycan）、革兰氏阳性细菌的脂磷壁酸（lipoteichoicacid）、脂蛋白（lipoproteins）和真菌葡聚糖酶等。