发现车辆被套牌有违章的，需要及时报警处理。报警后，辖区警方会调查备案，车主要留存好报警材料；然后再去车管所补办车牌。一旦发现车牌被套用违章，车主要及时带齐相关证明，前往交警支队秩序科申诉，申请消除“被违章”记录。如果车主担心，他人会持续故意套牌违章，也可过户车辆，更换号牌。
只要能证实此次违章非真实车辆所为，这条记录就可以申请删除。一般情况下，套牌车与被套牌车的车身要素并不一致，很容易判断其中真假。
关于消除套牌车辆违章记录的规定。
《道路交通安全违法行为处理程序规定》第二十二条交通技术监控设备记录或者录入道路交通违法信息管理系统的违法行为信息，有下列情形之一并经核实的，违法行为发生地或者机动车登记地公安机关交通管理部门应当自核实之日起三日内予以消除：
（一）警车、消防救援车辆、救护车、工程救险车执行紧急任务期间交通技术监控设备记录的违法行为；
（二）机动车所有人或者管理人提供报案记录证明机动车被盗抢期间、机动车号牌被他人冒用期间交通技术监控设备记录的违法行为；
（三）违法行为人或者机动车所有人、管理人提供证据证明机动车因救助危难或者紧急避险造成的违法行为；
（四）已经在现场被交通警察处理的交通技术监控设备记录的违法行为；
（五）因交通信号指示不一致造成的违法行为；
（六）作为处理依据的交通技术监控设备收集的违法行为记录资料，不能清晰、准确地反映机动车类型、号牌、外观等特征以及违法时间、地点、事实的；
（七）经比对交通技术监控设备记录的违法行为照片、道路交通违法信息管理系统登记的机动车信息，确认记录的机动车号牌信息错误的；
（八）其他应当消除的情形。
以上内容参考 凤凰网——车辆被套牌后又“被违章”
2、提供证据处理非本人的交通违法纪录。交警部门受理后会立即展开调查，检查是否有未处理的交通违法纪录，并且确认是否是真车或假牌车所为，如果是假牌车会免于处罚。
3、申请更换车牌号码。如果套牌车申诉成功后，交管部门会给你开具一个车辆被套牌的证明文件。根据这个证明文件，可以自行到车管所去申请更换车辆牌号。虽然说不是必须更换，但为了日后不会再出现更多麻烦，还是最好选择更换。
法律法规怎么处罚套牌车?
针对套牌车的处罚规定，《道路交通安全法》第九十六条第一款规定：" 使用其他车辆的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该机动车，并处二百元以上二千元以下罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
2013年新交规加大了套牌车的处罚，其中条款规定：使用伪造、变造的机动车号牌、行驶证、驾驶证、校车标牌或者使用其他机动车号牌、行驶证的，一次记12分。
这里，呼吁大家：套牌车对于道路的交通安全有着极大的危害。所以如果各位车友在路上有发现套牌车的话，最好可以跟公安机关联系，方便公安机关查获套牌车。路面上出现的套牌车越小，我们的安全隐患也就越小。本回答被网友采纳
搜集证据在登记地处理。搜集一切对自己有利的证据。包括近期车辆外观的照片、各种停车小票、高速收费小票、自己的行车记录仪及GPS记录,甚至停车场和小区的监控录像等。
到交警部门提交申诉。在提交申诉时需要注意以下几点:一是事先将属于本车的交通违法记录全部处理完毕,同时保留套牌车的违法记录；二是携带行驶证、车主身份证原件,以及证据、报案材料,驾驶涉事车辆到行驶证登记所在地对应的各区交警大队,由交通科受理案件。如果是车辆归属单位所有,须留存单位开具的委托书、机构代码证复印件。
调查结果证实确实被套牌了,交警会向你解释,遇上套牌最好的办法是换车牌。车主可提出申请,更换车辆号牌,费用大约是100多元。如需换号，交警会给你开具一个回执单,拿着这个回执单,你便可以开车到市车管所申请更换新车牌。需要注意的是,各区车管分所没有权限受理此项换牌业务。
如不换牌，再有违法需到当地申诉。车牌更换后的6个月内,如果原牌号没再发生套牌记录,车主则可以申请换回原车牌。此时办理换车牌业务将是免费的。可能有的车主对自己的车辆牌号有感情了,不愿意更换。“车主可以不申请更换牌号,但超过15日将视为自动放弃本次更换号牌的机会。”