《深夜食堂》讲述了发生在一个深夜营业的小餐馆里的故事。这里的菜单只有猪肉酱汤套餐一种，但是老板可以根据客人的要求利用现有食材做出各种料理。这里没有大鱼大肉，全是简单的家常小菜；这里没有大悲大喜，却是地道人间烟火的气息。在这家深夜食堂，每个夜晚都有温情故事上演。
《深夜食堂》第一季（出版时间：2013年1月）
深夜食堂第一季包含《深夜食堂01》-《深夜食堂04》。
一脸凶相的人其实有着一颗柔软的心，总也不红的女歌星命运多舛，嘴巴毒辣的海苔控爱女心切，外表冷酷的男优也有解不开的心结，立志要瘦的胖妹为何越减越胖……这些温情动人的市井故事，都在大都市巷弄里一个从深夜开始营业的食堂上演，每个故事都配着简单美味的家常菜，时而温馨时而忧愁，不仅散发料理的香气，也洋溢着最质朴的人情味，总让人看着热泪盈眶。
《深夜食堂》第二季（出版时间：2013年6月）
深夜食堂第二季为《深夜食堂05》-《深夜食堂08》。
能就泡菜猪肉吃下四碗米饭的真由美，能忍住“食物的诱惑”，减肥成功吗？；茶泡饭三姐妹再次登场！据说她们都在秘密相亲，结果如何？；爱吹嘘自己当年勇的“昔日好男儿”佐竹，却是个“谈妻色变”的妻管严；外表平平、毫无存在感的琉璃小姐是如何夺得高大英俊的外国帅哥大卫的芳心？ ……那些生活在夜色中的人，每到晚上，纷纷前来投奔，点些米面小菜，喝点清酒。简单美味的家常菜，配上温暖感人的日常故事，暖心又暖胃。
《深夜食堂》第三季（出版时间：2014年8月）
深夜食堂第三季为《深夜食堂09-11》及《深夜食堂美食特辑》（由原作者安倍夜郎、《Big Comic Original》杂志编辑部共同编著）。
听说，真由美又有减肥妙方了，她点什么都“只吃半份”；20年前的客人，想重温青菜炒肉丝的幸福，会不会太晚；在深夜食堂跨年，常客最想点的菜是什么呢？鲱鱼卵？螃蟹火锅？还是吃得唏哩呼噜的荞麦面？据客人武藏说，吃油菜花就像是在品味春天，你是否有同样的经历和体会？夏季限定的自助式刨冰，牵起未果的单恋回忆；从北海道来东京追爱的女孩，她等待的人，还在不在；闻名街坊的盲人针灸师傅，其实剑法一流；什么？深夜食堂最多人点的料理原来是这道？！
每个夜晚，让食物填饱你的胃，让这些故事给你温暖。
