民国成立，改度支部为财政部，省设财政司（后改为财政厅）。昭文、常熟两县合并为常熟县，设财政科总管全县财政。民国2年（1913年），县设知事公署，掌管全县财务行政和本公署会计庶务。民国17年10月1日起各县成立财政局，内设总务、经征、会计三科，综理全县财政事务。民国22年4月，县财政局机构全部裁撤，并入县政府设科办理。民国29年11月设立县财政局，民国30年 “清乡”开始后即裁并设科。抗战胜利后，在县政府内设财政科办理县级财政有关事项。
1949年4月，常熟解放。5月，县设置财政科。1952年8月，常熟县财政科与农税科合并为财粮科。1956年财粮科又改称为财政科。1959年6月，县财政科与县税务局合并，建立县财政局，内设公社财务管理、企业财务管理、预算及税政等职能机构。各公社均配备财政员一人，负责公社的财政收支和税务财务检查及企业管理等工作。8月，按照县划分的五个行政片相应设置了5个财政管理所，管理各片所辖范围的财政税务工作。1961年，常熟县财政、税务分开设局。
1969年1月，县革命委员会生产指挥组设财贸领导小组，指定人员负责掌握财政、税务工作。3月，撤销财政局和税务局。1970年11月，常熟县革命委员会设置财税局。1981年7月，财税局改称为财政局，同年10月至1982年8月，全县33个公社陆续设置财政管理所。1983年3月，常熟撤县建市，县财政局改称市财政局。1984年1月，税务职能从财政局划出，单独成立常熟市税务局。1985年底常熟市财政局共有财政工作人员72人。截止2008年12月底，局机关及下属事业单位共有在职在编人员98人。1984年财税分开后，常熟市财政局内设人事秘书、预算管理、企业财务管理、农业财务管理四个职能股。1990年5月，市财政局内设职能科室增至9个，同时将“股”统一改名为“科”，分别是：人事秘书科、农业财务科、农业税征收管理科、综合计划科、财政监察科、预算管理科、行政事业财务科、工交企业财务科、商贸企业财务科。8月增设国有资产管理科、会计事务管理科。1993年6月撤销人事秘书科，建立办公室和人事教育科。
2001年12月，财政局内设科室为:办公室、预算科、国库科、政府采购科（挂常熟市控制社会集团购买力办公室牌子）、综合科、税政法制科、经济建设科、企业科、外经金融科、科教文科（行政政法科）、社会保障科、农财农税科、统计评价科、会计科、监督检查科、人事教育科、公有资产管理科。2005年3月，公有资产管理科更名为国有资产监督管理科；8月，该科与统计评价科合并为资产管理和绩效评价科。
此外，市人民政府先后设立由财政局代管的国有资产管理局、市发展投资有限公司、控制社会集团购买力办公室、税收、财务、物价大检查办公室、国有资产监督管理委员会办公室、协税护税办公室、市财政投资评审中心。其中：国有资产管理局，税收、财务、物价大检查办公室，分别于2001年9月21日，1999年9月8日予以撤销。控制社会集团购买力办公室于2001年12月31日明确改在市财政局内设政府采购科挂牌，不再保留原事业编制。
