《第三次超级宇宙战舰大战OL》的战斗系统是自动化的，玩家可以根据自己的策略调整战斗侧重。整个行星系内的星球和部署的舰队都参与其中，敌对势力的军队会通过星门出现，以消灭模式进行战斗，目标是消灭所有敌人并夺取控制权。若无殖民船，消灭敌人后星球上的建筑会被摧毁，但资源会保留，无编队的敌船会停在轨道上，可以被收缴。
战斗触发条件包括遭遇战，即在无主星系发现敌方舰队时自动进入，战斗模式默认为消灭模式。玩家通过跃迁进入敌人领地进行进攻，经验根据消灭敌舰的实力分配，参与战斗的指挥官按锁定目标回合数获取经验，单纯派殖民船不能获得经验。战斗限制在20回合起始，每增加一艘舰队或殖民星球，回合数增加，最多100回合。100回合后，若无处返回，进攻方舰队会自爆。
空投是母星出发的舰船通过一次跃迁到达目的地的方式，但不能直接空投到战斗区域。游戏中有各种遗迹，如遗迹探索可获得科技点，初期探索对实力提升有很大帮助，遗迹探索后会消失。培育器遗迹提供人口，需要在该行星系有殖民地访问。还有指挥官遗迹，可以获取特殊指挥官拉菲尔和津特，同样探索后消失。
领土系统中，领导人可以设置领土权限，不同等级的权限对应不同的功能，如战略地区用于隐藏实力，边境地区用于防御，富饶地区为奖励给有贡献的玩家。领导人由选举产生，任期为2周现实时间，候选人的资格和选民资格都有严格要求。当选领导人有权限调整权限等级和领土保密，但权限等级分为五个等级，从A到E，每个玩家初始等级为D。
舰队编队时需要注意舰船的阵型限制，不同类型的舰船有各自的舰船组件生效数量上限。关于权限进入星球，有等级要求限制，但已有的船只或星球在限制区域内的玩家仍可进出，只是无法从外部再派遣船只。星系图是动态生成的，资源丰富度和可建筑数与距离太阳系远近有关，玩家可以通过操作如拖动、点击星系进行探索和返回母星。
第三次超级宇宙战舰大战OL(简称SSW3)是一款永久线上的超级宇宙舰队战略同人游戏，玩家要从一个星球的统帅开始，进行外星殖民、DIY自己的超级战舰、人才招募，最终统治银河。该游戏收录了大量ACG中知名的舰长和战舰，玩家亲自指挥他们，可以实现与其他玩家竞赛的梦想。