1.稽查局
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调、督办税收违法案件的查处；受理税收违法案件的举报，办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；牵头组织实施税收专项检查和税收专项整治工作；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；指导、协调税务稽查工作。承担南京经济技术开发区国家税务局稽管范围的税务稽查工作。
稽查局设9个内设机构（正科级）：综合科、综合选案科、检查一科、检查二科、检查三科、检查四科、案件审理科、案件执行科、举报中心。
办公地址：白下路300号20、21层
2.第一稽查局
职责：承担南京市玄武区国家税务局、南京市栖霞区国家税务局、南京市沿江工业开发区国家税务局稽管范围的税务稽查工作。
办公地址：南京市白下区长白街136号5楼
3.第二稽查局
职责：承担南京市鼓楼区国家税务局、南京市下关区国家税务局、南京市高新技术产业开发区国家税务局稽管范围的税务稽查工作。
办公地址：南京市鼓楼区中山北路107号
4.第三稽查局
职责：承担南京市白下区国家税务局、南京市建邺区国家税务局、秦淮区国家税务局、南京市雨花台区国家税务局稽管范围的税务稽查工作。
办公地址：南京市白下区长白街136号4楼
5.车辆购置税征收管理分局
职责：组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的日常管理、日常检查、纳税服务等工作；组织实施车辆购置税的税源管理、纳税评估等办法；组织实施车辆税收一体化管理工作；对核定各类车辆最低计税价格提出建议；管理车辆购置税票证。
6.直属税务分局
职责：负责对所辖市属以上重点税源企业的监控、管理和服务，具体负责对所辖纳税户税务登记及纳税申报的调查核实、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、组织实施纳税评估、处理一般性违规违章行为等。
办公地址：白下路300号22、23层
