早在1995年，丹阳站就有特快列车34次（上海~天津）停靠。1998年，丹阳站图定办客列车数就已经达到65趟之多。原因很简单，丹阳一直有车务段存在，丹阳车务段直属于当时的上海铁路局南京分局，在地位上相当于一等站。进入21世纪以后，丹阳站则在缓慢上升，02~03年之间，图定办客列车数达到顶峰，多达74趟。但是自从2003年12月24日丹阳车务段撤销，丹阳站划归镇江站管理，丹阳就开始遍尝提速的苦果，近十年的时间、没有任何特快列车停靠、甚至城际快速列车也都跨越丹阳，图定办客列车数则一直在60几趟左右徘徊。这这给人们留下了一个很坏的印象——认为丹阳站是小站。这种影响一直持续到现在，今天当特快列车和动车组列车停靠丹阳时，一直到2006年3月18日，根据上海铁路局、局党委联合发文《关于调整运输生产力布局的通知》（上铁劳卫发〔2006〕64号），“将镇江直属站与常州直属站合并，称常州直属站。”丹阳站才划归常州直属站管辖。
同年6月，常州直属站重新设置车间管理部门，丹阳站仍然下辖吕城、陵口、三山三个中间站，辖境全长44公里。从此，丹阳站与镇江站只有等级上的不同，而没有地位的高低。2007年、六提之前、山雨欲来风满楼，正当沪宁线各车站大行高站台改造之时，丹阳站始终没有动静。但是元月15日，城际特快列车紫金号——T740/T739（南京西~宁波）双向增停丹阳，再次振奋了无数的车迷，虽然只停靠了短短三个月的时间，但这完全是丹阳站腾飞的先兆！后来丹阳市政府为丹阳站高站台、候车室、售票厅建设改造共投资1060万元。终于使丹阳站成为六提当天（4月18日）停靠动车组的少数县级站之一。这一点，扬子报亦不得否认，将丹阳昆山并列作了宣传。
1907~2007 丹阳火车站已经100岁了!
年修成印行的《丹阳县续志》是清光绪《丹阳县志》的续编。它沿袭前志，记载了从1885~1911年间我县的自然社会、人文经济等各方面情况。其中新增之卷二十三“地方自治·交通”篇目下，“铁路”条记载：“境内沪宁铁路，于光绪三十三年（1907）九月通车。…总车站在县北城外二里陈家桥。…”其寥寥数十言，史家笔法，不加评点，却分明向我们昭示了一个新生事物的勃兴！
限于文字记载的不足，我们无法得知当时丹阳百姓对铁路的看法。但仍然是《丹阳县续志》，紧承“铁路”条后又有“实业”记载。其云：“光绪三十三年，邑人董继昌等招集股本洋三千元，购置北门外至火车站田地，开办马路，专营挑驳货物、输送行旅两事。”这就是我县最早的阜阳实业有限公司，而这条阜阳路也成了我县第一条马路。可见，新生的沪宁铁路、新兴的火车运输并没有像早年那样被视为异物，更没有遭到百姓的抵制，它反而带动了实业经济的振兴，促进了城市的发展！
丹阳站民国前期为办理客货运业务的二等中间站。民国2年（1913），丹阳站每天停车3对：沪宁慢客1对、快客1对、宁常区间车1对。到民国17年（1928），丹阳站每天停车6对。抗战前又增加到9对，其中飞快车一对。那时从丹阳到上海，快客要5小时零6分、慢客需要7小时零3分；丹阳至南京，快客2小时19分、慢客2小时59分。饶是如此，丹阳站客货运输十分兴盛。《镇江交通史》统计：通车第一年（1908），镇江境内所有车站客运量达405704人次、货运达62098担。一年后这个数字就增加到638893人次和205534担。而三十年代，我县每年由铁路运往苏州上海无锡的糯米、小麦、牛，年均价分别达16500元、7500元和45000元，而上海苏州生产的棉布（每年500件）、火柴（每年450箱）也源源不断地运来我县客货运输的繁盛又反过来促进丹阳铁路的发展。1924年，丹阳站上行月台、新丰站下行月台分别新建雨棚一座。1930年12月，丹阳站又扩建货栈一座，面积650平方米、可容货440吨。可以说，丹阳铁路日新月异地不断壮大，既改变了我县的面貌、便利了市民的生活，也促使丹阳成为了沪宁线上响当当的“小无锡”！ 1945年，抗日战争胜利，日本投降，国民政府交通部华中铁路管理委员会全面接收京沪线。1946年3月1日，原华中铁路管理委员会改组为“京沪区铁路管理局”，开始实行分区管理。据“1947年京沪线镇江区域各车站设施情况表”登记，丹阳站重新被评为2等站，有站台6座、股道4条、并有风雨棚、号志、给水设备等设施。吕城陵口二站均为四等站。当时，丹阳站的运输业十分兴旺：城内吴聚源、吴义昌、林万泰、马泰源等粮行充分利用铁路，夏运火麦（小麦）、秋运糙籽（粗加工后的糙米）。1947年，丹阳站客货车日通过量达到43列，丹阳县境各站民国三十六年（1947）1~10月旅客发送人数为634117.5人，货物发送量为15011吨。其中1946年仅12月份，丹阳站客运人数就达47035人，货运吨数1214吨。但1948年后，随着国统区经济危机以及军事运输的繁重，京沪铁路又陷入了混乱。
1949年4月23日丹阳解放，京沪铁路又获得了新生。渡江战役的胜利极大地鼓舞了广大铁路工人，他们积极响应党中央“解放军打到哪里、铁路就修到哪里”的号召，以又好又快的速度抢修线路和车站，为解放大上海和进军南中国做出了积极贡献。4月27日，宁镇间恢复通车，5月16日起南京至苏州间也恢复了通车。当时的数以千计的接管干部就是通过火车，不远万里汇聚丹阳，为解放大上海提前做好了准备。5月26日，随着上海解放，沪宁铁路全线恢复通车。
建国后，铁路发展步入了正轨，开始了翻天覆地的变化。首先是1958年，京杭运河丹阳段裁湾取直，铁路线随河东移，丹阳站便迁到了运河以东、贡潘村东北侧。新站上距新丰5.98公里，下距陵口8.85公里。1959年5月1日举行了盛大的试通车典礼，9月13日正式启用。新站包括候车室247平方米、客运线7股道、站台3座。当时丹阳站为中心站，管区涉及丹阳站、陵口站、吕城站以及青阳线路所（今大泊），全长30公里。1958年底，沪宁铁路又仓促上马复线工程，由于劳力不足、计划紧缩而进展缓慢。后来又遭遇“文化大革命”，铁路事业近于停滞。到了1974年，铁路运输趋于饱和，越来越不适应经济发展的需求。1977年1月，迟来的沪宁铁路复线工程终于全线竣工通车，丹阳站又迎来了它的又一个辉煌！1978年，丹阳中心站上升为丹阳车务段，管辖范围西起南京栖霞山、东到常州新闸镇，包括15个站所，线路长、管理相当繁重。当时又因为镇江港站堵塞严重，一部分原在镇江中转的苏北进出口物资改由丹阳站中转。仅1980年，丹阳铁路中转苏北28县市的物资就达2414车，11万多吨。丹阳站中转业务的持续发展，使丹阳成为了沪宁线上又一个公铁、水铁中转枢纽！1983年，丹阳站新建旅客通行地道，长42.8米、沟通了三个站台，极大得便利了进出站的旅客。1989年1月20日，丹阳站在原站房北侧新建站房落成启用，并于1987年上升为二等站，成了沪宁线上传统意义的大站。 进入新世纪的沪宁铁路多少有点力不从心，它的运能似乎发挥到了极致。为了更好的适应经济的飞速发展，铁路进入了漫长的提速期。从无逢钢轨的架设，从平交道口到立交道口，从全封闭到电气化改造，沪宁铁路逐步脱胎换骨，迎来了六次大提速的辉煌业绩！1997年4月1日零时，铁路实行第一次大面积提速，列车运行最高速度达到140公里，旅行速度达到90公里，铁路第一次开始与高速公路向追逐。1998年10月1日，铁路又进行了第二次大提速，快速列车和夕发朝至列车的开行，让人们第一次感受到了提速的便利。其后2000年10月21日和2001年10月21日的两次大提速，全面形成了中国铁路提速网络，平均时速和提速里程都攀上了高峰。2004年4月18日，铁路第五次提速，一站直达的高速列车、国内最先进的庞巴迪和25T型客车又让人们感受到了航空的待遇。
伴随着提速的到来，也带来了列车的跨越！丹阳站一方面切实感受到了快速列车的高速，同时也面临了跨越的压力。众所周知，丹阳仅是一个县级市，自昆山站一步登天升格为一等站以后，丹阳站成了沪宁线上硕果仅存的二等站。列车停靠受到限制，旅客流量也很难提高。丹阳站第一次尝到了提速的别样滋味。据统计，丹阳站最辉煌的时候，日办理客运列车100余趟（含春运临客）。后来随着提速，到第五次提速后，下降至65趟。许多高速列车呼啸而过，大量城际特快却不停靠，这让丹阳旅客的出行带来了极大不便
2003年，上海铁路局决定撤消铁路丹阳车务段，包括丹阳在内的七个车站划归镇江直属站。2006年3月，上海铁路局又进行了大规模的站段调整，镇江、常州二站合并为常州直属站，丹阳站又划归常州直属站管理。机构的频繁调整，管理体制的重大变革无不预示着“六提”的水到渠成。丹阳站又一次站在了风口浪尖上，迎接更大的挑战。
为了使丹阳站能够满足社会经济发展的需要，为了让更多市民能够搭乘新型的“和谐号”动车组，也为了保持百年老站不被跨越衰败，丹阳站积极争取、市政府高度重视，终于和路局达成一致协议，使丹阳站搭上了六提高站台改造的末班车。据报道，此次改造共投入资金800余万元，使1号上行站台、5号下行站台加高至1.25米，让旅客上下动车组如屡平地。同时，丹阳站还更新了电子显示屏、音响系统，为2007年4.18铁路大提速作好了准备。由于地方的重视，由于自身的努力，丹阳站终于成了六提停靠动车组的少数县级站之一。2007年4月18日8∶37分，刚刚靠站约两分钟的D407次列车满载着丹阳40多名乘客又启动了，当它风驰电掣般消失在下行方向（上海）时，人们脸上都露出满足的笑容。六提后，丹阳站又乘势而上，对外立面、候车室、售票厅进行了改造出新。改造后的丹阳站焕然一新，二楼专辟为动车组候车室，给旅客候车提供了优质服务。这次六提，尽管丹阳站图定办客列车从32.5对下降至20.5对，但是七趟动车的停靠宣告了一个新时代的到来——百年丹阳站真正迎来了高速时代，百年丹阳站又焕发了青春，将走向新的辉煌！
2010年7月1日，随着沪宁城际高铁的通车，坐落于老站房南侧的新站房同时启用。 乘坐1路或6路在火车站（南广场）站下车。
