二战爆发之后,大量盖世太保随德国国防军一同进入占领区,在那建立了众多辅警部队,这些辅警部队全部听命于盖世太保,成为其机构的一部分,随同其进行恐怖统治,滥杀无辜,草菅人命。每年占领区中死于盖世太保手下(不包括集中营)至少有几十万人。盖世太保秘密警察有“预防性逮捕权”,在纳粹德国时期,成千上万的共产党人、左派人士、抵抗战士及犹太人等都未经法律程序被盖世太保投入集中营。第二次世界大战期间,盖世太保参加特别行动队,随正规部队进驻波兰和苏联,残酷杀害纳粹占领区人民和战俘,是纳粹党对被占领国家人民进行特务恐怖统治的工具。