1、机务操作失误
机务做完机舱加压测试后，忘记把加压掣从“手动模式”变回“自动模式，而飞行员未有察觉。当航机以“自动驾驶模式”爬升超过15,000呎后，因机上的加压系统处于手动模式而未能自动为机舱加压，空气稀薄，氧气不足。
2、机长及副驾驶判断失误因缺氧失去知觉
机长及副驾驶一直以为是机上空调失灵而没有戴上面罩，因此很快便失去意识并处于昏迷状态，导致飞机无人驾驶，飞机便以自动驾驶模式一直爬升。出事客机的机长是一名德国驾驶员，可是，该名机长可能因沟通问题，而未能听得懂地面控制员的指示，又或是因为当时飞机缺氧，影响机长判断力及集中力。
3、机长及副驾驶昏迷，导致飞机持续爬升，舱内氧气不足
在客舱内，由于在机舱缺氧的情况下，客舱顶部的氧气罩会自动降下，因此客舱乘客都自动戴上氧气罩。可是氧气罩内的氧气只可支持约12分钟，因为这个设计只是用来支持像高空失压的情况下短暂使用，直至飞机下降至高含氧量空域为止。可是由于正副驾驶当时已昏迷，飞机并没有下降反而继续爬升。
当氧气面罩内氧气用完后，大部分人因缺氧而失去意识而陷入昏睡状态。因此F-16战机机师看见客舱内的所有乘客都毫无反应，而在驾驶舱内亦只能看见副驾驶，机长则不知所踪。飞机在希腊境内没有飞行员控制进场，只得依靠自动驾驶模式留在空中盘旋待命。
4、飞机燃料不足
一名空中服务员安德列亚斯靠紧急备用氧气瓶到驾驶室为副驾驶戴上面罩，然后坐在机长席试图挽救飞机，并曾以极微弱的声线求救，可是最后飞机因燃料不足而坠毁。
扩展资料：
太阳神522“幽灵航班”失事时间表：
1、09:00 班机表定出发时间。
2、09:07 飞机从塞浦路斯拉纳卡国际机场起飞。
3、10:37 班机进入雅典飞航情报区，但航管无法联络上该班机。
4、10:45 班机表定抵达雅典的时间。
5、10:55 希腊军队总参谋长帕纳约蒂斯·齐诺弗蒂斯（Panagiotis Chinofotis）下令由军用飞机监察此飞机。
6、11:05 两架F-16 战斗机从希腊埃拉索克斯起飞。
7、11:18 战斗机驾驶员看见班机副驾驶趴在驾驶舱的仪表板上不省人事，但没有发现恐怖主义袭击的迹象
8、12:04 飞机坠毁于雅典东北方的Grammatikos附近。
9、13:10 班机表定抵达捷克首都布拉格的时间。
这起空难以工程人员一个疏忽开始，因为沟通问题奠定了死局，无论之后多少挣扎，最终都没能改变结局。因为这件事，体量本就小的太阳神航空遭受严重打击，2006年，太阳神航空就因为银行账户遭政府冻结，而停飞歇业。
在雅典附近的太阳神飞机坠毁纪念地其实高空缺氧的安全事件，这一起绝非首例。早在1999年，美国圣捷特航空的里尔35喷射机，就因为同样的原因坠亡。两起事故惊人的相似，同样由F-16战斗机侦察，同样无力回天轰然坠地。航空领域时常有空难爆发，每一次空难都带来大量的总结和改进。或许是在看到生命如此脆弱后，我们才会真的讲这些事情刻进心里。1999年以如此诡异的原因引发空难，调查也得出了许多修改意见，如手册用语、出行检测等等。
参考资料：百度百科-太阳神航空522号航班事故