造血干细胞移植按照不同的分类方法可分为不同的类别。
按照造血干细胞来源可分为：骨髓移植、外周血造血干细胞移植、脐血造血干细胞移植。
按照造血干细胞与患者的关系可分为：自体造血干细胞移植、异体造血干细胞移植（包括亲属间的移植、无关供者移植）。
按HLA配型相合与否分为：HLA配型相合移植、HLA配型不相合移植。
按患者的骨髓清除与否分为：清髓性移植、非清髓性移植。清髓性移植就是把患者骨髓中的肿瘤细胞和正常细胞最大程度地完全清除，避免患者自身骨髓对来自他人的造血细胞产生免疫反应，使移植失败。非清髓性移植对骨髓中细胞的清除不如清髓性的彻底，只是对骨髓中部分细胞清除。