体育事业单位的财务管理在其支出管理章节中有明确的规定。支出，即单位运营活动中的资金消耗和损失，是事业单位开展业务和完成任务的关键环节。
体育事业单位的支出主要分为五个类别：事业支出，包括基本支出（保障日常运转的人员和公用费用）和项目支出（完成特定任务的额外支出）；经营支出，是单位在非独立核算业务中产生的费用；对附属单位补助支出，是单位对附属单位的财政支持；上缴上级支出，按要求上交上级单位的资金；最后是其他支出，如利息和捐赠等，超出上述规定的部分。
所有支出必须纳入预算，建立严格的管理制度。事业单位需遵循国家财务规定，合理控制开支范围和标准。在非独立核算经营活动中，费用需准确归集和分摊，并确保经营支出与收入配比。专项资金的使用需专款专用，接受相关部门的监管。
内部成本核算是体育事业单位成本控制的重要手段，将费用划分为直接费用（业务活动费用）、间接费用（部门管理费用）和期间费用（行政后勤费用）。成本费用需按支出用途归集到相应的科目，如事业支出和经营支出。不合规的支出，如建设投资和个人捐赠，不计入成本费用。
体育事业单位还需遵循国库集中支付和政府采购制度，确保资金使用透明和有效。加强绩效管理，确保资金使用效益，并严格管理各类票据，保证其合法性和真实性。
2012年12月28日，财政部、国家体育总局以财教〔2012〕505号印发《体育事业单位财务制度》。该《财务制度》分总则、单位预算管理、收入管理、支出管理、结转和结余管理、专用基金管理、资产管理、负债管理、事业单位清算、财务报告和财务分析、财务监督、附则12章82条，自2013年1月1日起施行。