山东能源集团有限公司的组织架构包含了多个关键部门和子公司，以确保集团的高效运营和管理。首先，总部机构设有办公室，负责日常管理和协调工作。人力资源部（含薪酬管理处）和党群工作部（包括机关党委）负责人力资源和党的工作，确保员工福利和组织凝聚力。纪检监察部、工会、财务管理部（含综合处）及企业管理部（含考核处、招标处）则分别负责监督、员工权益、财务管理和企业运营的监督与规划。
资本运营部（含产权管理处）和战略规划部（含战略研究院和资源开发处、战略研究室）专注于资本运作和长远战略规划。风险管理部（含风险处）确保集团的风险防控，工程管理部（含基建处、预算处）负责项目管理和建设。技术装备部（含机电装备处）关注设备更新和技术升级，调动指挥中心（含信息处）则负责信息管理和调度指挥。
安全监察局下辖煤矿安全监察处和非煤矿安全监察处，保障安全生产。海外产业部和电力产业部分别负责海外业务和电力行业的运营管理。技术研发中心（含科技管理处）推动技术创新，信息中心（含综合管理处）负责数字化转型，煤炭营销中心（山能国际，含营销处、财务处和物流分公司）负责煤炭销售，物资供应中心（山能国贸，含国际贸易处等）负责物资采购和物流管理，而新闻中心则负责集团的内外部沟通和宣传工作。
此外，山东能源集团还拥有六个全资子公司，如新汶矿业集团、枣庄矿业集团等，以及一系列区域和专业公司，如山东能源国际物流、山东能源国际贸易等，这些公司在各自领域内发挥着关键作用，共同构建了集团的多元化业务版图。
山东能源集团有限公司是经山东省委、省政府批准，由新汶矿业集团有限责任公司、枣庄矿业（集团）有限责任公司、淄博矿业集团有限责任公司、肥城矿业集团有限责任公司、临沂矿业集团有限责任公司、龙口矿业集团有限公司六家企业重组而成，为山东省属国有独资公司。注册资本人民币100亿元，现有员工23万人，资产总额1673亿元，位列中国企业500强75位。集团总部设在济南市。
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