水尧水族乡的历史可以追溯到1953年3月，当时成立了人民政府。随后在1958年9月，它并入了先锋人民公社。同年12月，又并入了黎明人民公社，其中包括永康乡。1960年8月，撤销了管理区，成立了水尧人民公社。1961年8月，设立了水尧公社管委会，隶属于玉屏区公所，其管辖区域包括原水尧乡。1976年10月，水尧公社改为了革委会，隶属于城关区革委会和城关区公所，下辖五个大队管委会：水尧、拉交、水扒、水功、水捞。
1980年4月，第六届人民代表大会召开，成立了水尧公社管委会，进一步加强了地方治理。1984年4月，第七届人代会的召开则标志着水尧水族乡人民政府的建立。1991年8月，根据省委、省政府的文件，水尧水族乡被提升为独立的民族乡，行政区域保持不变，级别升至局级乡。同年，为改善瑶族同胞的生活条件，将瑶山瑶族乡的70户瑶族移民安置到威闷地区，设立了水瑶新村，归属水尧水族乡管辖。
进入21世纪，2004年，根据荔波县的文件精神，水尧水族乡对村级组织进行了调整。原水扒村和水尧村合并为新的水尧村，行政区域涵盖两村原有区域。自此，水尧水族乡现下辖五个村，即水尧、水功、水捞、拉交和水瑶新村，共46个村民组，持续至今。
水尧水族乡，贵州省黔南布依族苗族自治州荔波县辖乡，于1984年5月3日成立，位于荔波县中部偏东北，北纬25度21分至25度29分，东经107度55分至108度01分之间。东临茂兰镇，西靠玉屏镇，南接永康乡，东北与三都县九阡镇接壤。下辖6个行政村，32个自然寨，46个村民小组。2001年，工农业总产值4972万元，其中：工业产值4300万元，农业产值672万元，粮食总产量2482吨，农业人口人均占有粮364公斤，财政收入60.1万元，农民人均纯收入990元。