河南省环保联合会的组织结构分为五个主要部门：
1. 办公室: 负责联合会的日常运营，包括党务管理、行政事务处理、财务监控、后勤保障、会刊编辑和网站管理工作。
2. 会员联络部: 专注于会员发展与维护，管理会员关系，进行理事工作调研，并筹备和组织各类会员大会，如会员代表大会、理事会和常务理事会。
3. 社会事业工作部: 主导环境友好与中原崛起战略论坛的组织，开展相关项目和宣传教育活动，同时负责与中华环保联合会以及国内环保非政府组织的联络，促进项目合作和工作交流。
4. 环境维权法律服务部: 专门负责环境权益的保护和法律援助，通过法律手段维护公民、法人和其他组织的合法环境权益，提供多种形式的救助。
5. 环境友好服务中心: 主要负责评估、宣传和推广省内环境友好单位，提供环境咨询服务，支持省环保局的业务工作，推广环保节能产品和技术，为公众提供全方位的环境服务。