制度学派的研究从一开始就是与价值判断密切相关的。早期制度学派认为，国民生产总值（GNP）作为经济价值，只是社会价值中的一种而不是全部；除此以外，社会价值还应该包括社会平等、生态平衡、人们对闲暇时间的追求等等。加尔布雷思更提出了“整体制度目标”的概念，他把整体制度目标分为经济价值目标和文化价值目标，而社会追求的公共目标就是经济价值和文化价值综合起来的“生活质量”。这一时期制度学派提出的价值判断标准，既反映了从凡勃伦以来的早期制度主义的一贯想法，更加突出地采用了包括伦理学等学科的研究方法。这是制度经济学在研究方法论方面第三个显著特点。
科斯（R·H·Coase）在制度分析中引入边际分析方法，建立起边际交易成本概念，为制度经济学的研究发展开辟了新领域。诺斯（North）曾经说，有了“交易成本”这个发现，我们才找到了解释制度存在和制度变迁的方式，才使我们可以解释整个经济在体制上的变化。比如，我们运用“交易成本”概念可以理解制度为什么会存在，制度是怎样发生变化的，人们为什么以及怎么样采用更经济的方式来组织生产和交换活动等。他说，有了“交易成本”的概念，制度经济学才称得上是“新”的。笔者认为，由于引入边际分析方法，运用边际交易成本作制度分析，科斯以后的制度经济学较之先前的制度经济学，在方法论上不再是与主流经济学相对立或渐行渐远，而是呈现出“合流”或“融合”的倾向。如果说，以加尔布雷斯为代表的制度学派对早期的制度学派，在研究方法方面进行的拓展还只是量的发展和扩大的话，那么科斯对制度经济学研究方法的发展，就具有了革命性和方向性的改变。也许，这就是诺斯把科斯以后的制度经济学称为“新制度经济学”的原因。
科斯认为，古典经济学和新古典经济学的重大理论缺陷是没有专门的制度理论。在他们那里，尽管政治、法律、货币、习俗等制度形式，对经济体系的作用或多或少都得到认可，但是，这些传统的研究要么假定制度是外生给定的，或者假定制度不影响经济绩效，如新古典经济学；要么假定制度可以无成本地运行，或者没有专门对制度运行成本进行分析，如斯密、马克思的古典制度分析和凡勃伦、米切尔、康芒斯等的旧制度经济学。科斯强调，要解释经济现象、经济行为和经济关系，就必须研究对它们产生影响、支配或约束作用的制度安排。应当说，科斯并不是第一个注意研究交易背后权利关系的人，斯密、马克思或者更早的思想家就已经研究过这些问题，但科斯却是第一个通过引入边际分析方法，通过分析边际交易成本，解释了现实制度的内生化及其对经济绩效的影响。这是制度经济学在方法论方面的第四个显著特点，也是一个重要的转折性发展。
科斯认为，诸如灯塔制度、电讯产品生产和消费出现的纠纷、农夫和养牛者的利益纠纷、环境污染等现实问题现象，实质上反映的是产权的界定和变迁；而产权结构的选择或解决纠纷的制度安排，又取决于利益关系人之间相互协调和影响的边际交易成本。他举例分析说，假定有法律诉讼和私下协商两种解决纠纷的制度安排，如果两者的边际交易成本不相等时，当事人自然倾向于选择成本低的制度安排，这就可以解释不同状态下当事人会选择相应的纠纷解决机制的原因；如果两者边际交易成本相等，就会出现制度均衡，这就可以解释现实社会中存在多样化的制度安排的原因；如果交易成本很小或不存在，那么各种制度就是多余的。由此科斯认为，在现实经济中制度的显著重要性和制度安排的多元化，恰恰反映了边际交易成本的现实性，而这些在新古典经济学中却是不被重视的。
科斯的制度分析方法还呈现出微观化、具体化的倾向。他不赞成古典制度分析和旧制度经济学（包括加尔布雷思）那种描述性的研究方式，认为他们的最大不足在于他们的制度分析一直是从总体上来把握制度变量，比如分析资本主义制度的特征和后果，分析家庭、国家、法律、政治等制度安排，作为一个整体的性质、演化的过程及其对经济体系的影响，等等。科斯认为，这种整体主义方法论除了对各种经济制度作了粗糙的描述以外，实际上并没有告诉人们关于制度的详细故事，这些分析仅仅留下了一堆有待证明的猜想而已。他批判过去的制度分析方法：把企业和市场处理成不同利益集团解决利益纠纷的场所，其中起作用的制度要么是习惯和文化的非正式制度安排，要么是法律等正式制度安排，并且认为这些制度安排是作为决定当事人行动的社会整体出现的，当事人的行为反映了这些制度的特征。而科斯从考察一些具体的企业活动中发现，企业和市场本身就是协调利益关系的制度，企业和市场的共存说明了两者的交易成本的相对大小。在科斯看来，任何制度安排都是当事人根据具体环境自由选择的结果，这反映出科斯所运用的仍然是新古典的理性选择模型。从制度分析方法的发展来看，科斯重视个案为基础的小样本研究，又不放弃演绎推理，这在一定程度上避免了古典制度分析和旧制度经济学那种描述性的研究方式和纯粹归纳研究方法的不足。这是制度经济学在方法论方面的第五个显著特点。
如上所述，科斯的制度分析和以前的制度分析的最大不同在于，通过引入边际分析和边际交易成本概念，使得各种具体制度的起源、性质、演化和功能等的研究，可以建立在以个人为基础的比较精确的实证分析上，创立了可以经验实证的制度分析方法。这是科斯对新制度经济学研究方法的一个贡献。应当承认，如果制度分析仅仅停留在价值观的讨论上或一般性的规范分析上，那么人们就不可能像今天这样对制度的性质及其演化做出深刻的理解。科斯的开创性研究不仅加深了人们对制度重要性的认识，而是促使人们更加科学地研究制度及其与之相关的经济问题，从而直接推动了制度分析的复兴。科斯在制度经济学研究方法论方面的开拓性成果，对后来诺斯等人的经济史研究、张五常等人的契约探讨、威廉姆森等人关于组织的理解等等都产生了重要影响，促使他们是从现实的经济形态出发，检验理论的合理性，强调如果理论不符和现实，就需要修正理论模型本身。这种强调经验实证的制度分析没有陷入象牙塔式的推理，而是从实际发生的事件中挖掘和发展理论。当然，在后来的发展中，古典制度分析、旧制度经济学，甚至新古典经济学等的研究方法，仍然对新制度经济学及其研究方法产生着重要影响，在相互的融合中形成了不同的方法论侧重和理论子分支，使新制度经济学呈现出研究方法和理论分支构成多样化的蓬勃局面。
以D·诺思和T·W·舒尔茨为代表的制度变迁理论，是制度经济学的最新发展。诺思认为，在影响人的行为决定、资源配置与经济绩效的诸因素中，市场机制的功能固然是重要的，但是，市场机制运行并非是尽善尽美的，因为市场机制本身难以克服“外在性”等问题。制度变迁理论认为，“外在性”在制度变迁的过程中是不可否认的事实，而产生“外在性”的根源则在于制度结构的不合理，因此，在考察市场行为者的利润最大化行为时，必须把制度因素列入考察范围。他们强调，制度是内生变量，它对经济增长有着重大影响。因此，深入探讨制度的基本功能，影响制度变迁的主要要素，经济行为主体做出不同制度安排选择的原因，以及产权制度与国家职能，意识形态变迁的关系等问题，是经济学发展的必然要求。制度变迁理论在研究方法论上的特性，启发了经济学家在分析经济效率时，把经济理论与政治理论结合起来，把政治要素作为经济运行研究不用缺少的要素分析。
诺斯在强调制度分析方法和历史分析方法的同时，并没有丢弃“成本-收益”分析方法，事实上他是应用多种方法来研究制度变迁和制度创新的。这是制度经济学在方法论方面的第六个显著特点。诺斯认为，一项制度安排之所以被创新，之所以影响到制度变迁，主要是因为，一方面有许多外在性的变化促成了潜在利润或外部利润的形成，另一方面又由于存在对规模经济的要求，将外在性内在化的困难，以及厌恶风险、市场失败、政治压力等原因，这些潜在的外部利润无法在规定的现有制度安排结构内实现。因而，在现有制度安排下的某些人为了获取潜在利润，就会率先来克服这些制度障碍，由此导致制度安排的创新，并进而形成制度变迁。
诺斯认为，从“成本-收益”分析来看，一项新的制度安排只有在创新的预期净收益大于预期的成本时，才会发生。这又分两种情形，第一种情形是，由市场规模扩大、生产技术进步和社会集团对自己收入预期的改变促成“制度创新”。因为，这些因素的变化，将会促使成本和收益之比发生变化，比如市场规模的变化会改变既定制度安排下的收益和费用；技术进步会使得制度创新变得有利可图；社会中各种团体对收入的预期改变会使他们对新制度安排的收益与费用作出重新评价等等，上述各要素作用的结果就会推动制度创新。第二种情形是，由技术创新、信息传播、有利于创新的社会科学知识进步等创新成本的降低导致的“制度创新”。他强调，制度安排创新的真正原因在于，创新成本的降低，可以使在新制度安排下的经济行为主体获取潜在的利润。
总之，在运用上述制度分析方法、历史分析方法和“成本-收入”方法的基础上，制度变迁理论得出的结论是，一种制度下的预期收益与预期成本的关系决定了制度创新，制度创新存在着一定的时滞性，因此由制度创新决定的制度变迁是缓慢进行的。
综上所述，制度经济学不仅以其独特的理论思想和理论特色，在整个现代经济学体系中引人注目，而且它所运用的研究方法也颇具特色。更进一步讲，在近一个世纪的时间跨度中，制度经济学在研究方法论的演化轨迹和发展趋势，也是颇为耐人寻味和引人入胜的。起初，制度经济学无论在理论思想上还是方法论上，都以“逆经叛道者”的面目出现，强烈反对主流经济学的研究方法。这个过程经历了从凡伯伦到加尔布雷斯的几代人的传承。他们强调制度分析，强调非经济因素，强调人的选择的不确定性，强调整体和规范研究方法等等。然而，自科斯引入边际分析方法，运用交易成本概念对制度展开研究之后，制度经济学无论在方法论方面还是在理论思想方面，都发生了转折性变化。变化的趋势不是日渐远离主流经济学，而是趋与相同，以至于在一些经济学家看来，自科斯以后的新制度经济学是可以被主流经济学所接纳的，甚至能够被归并到新古典经济学中去。科斯制度分析方法的微观化和具体化的倾向，诺斯以“成本-收益”分析方法研究制度创新和制度变迁，更具有新古典色彩。
分析以上制度经济学在研究方法论方面呈现出的显著特点及其演化轨迹与发展趋势，可以使我们获得三点重要启示。第一、研究方法的选择、运用和创新，是为经济学理论的发展进步服务的，他们二者是手段与目的的关系；第二、研究方法具有相对独立性，一种方法可以为多种理论研究所运用，一种理论可以使用多种方法；第三、研究方法的创新往往成为理论突破的启动按钮和关键环节，一种新的研究方法的引入往往可以为理论研究开辟新的领域，促成新的研究成果。也许可以说，制度经济学的进一步发展，有待在方法论上运用跨学科的研究方法和研究成果。正如诺斯所说，制度经济学还有更多的研究工作要做，特别是应当更重视跨学科研究和经济以及其他社会现象间的联系。
我国适用
制度经济学派已从19世纪的非主流学派发展为“显学”，日益引起人们的注意。制度学派可以分为旧制度经济学和新制度经济学，二者的区别仅在于20世纪20年代和60年代的区别，对主流经济学所忽视的“制度”的重视，是二者的共同点。制度经济学起源于19世纪末的德国历史学派，强调经济发展中的历史性和过程性，强调从整体的角度来分析经济现象，强调经济发展过程的演进性。这与从劳动、土地和资本等要素角度对经济活动进行静态分析的主流经济学派有本质的不同。
古典经济学乃至新古典经济学、新古典综合派之所以能够成为当时的主流经济学派，和当时社会所面临的突出问题有很大关系。古典经济学面临的是社会财富的增长问题，这可以从经济学开山之作的名称《论国民财富的性质和原因》反映出来，它主要解决的是生产不足问题，需求因素还没有突出出来。新古典经济学面临的主要是需求不足问题，这也可以从其代表人物凯恩斯的《就业、利息和货币通论》中反映出来，新古典经济学所要解决的是需求不足的问题，这时，财富的增长不再成为经济学关注的重点点。1929－1933年波及世界的经济危机为凯恩斯经济学的实施提供了舞台，美国的罗斯福政府实行了凯恩斯主义的财政政策，美国因此较快地摆脱了经济危机。
制度学派自诞生之日起，就不被主流经济学所重视。这也许和它历史、逻辑的分析方法不能像古典经济学那样能对现实问题提供实证分析，从而在现实中具有较强的操作性有关。如果说古典经济学在“边际革命”以前在分析经济问题时还只是使用代数和简单的几何工具的话，那么，经过杰文斯、门格尔和瓦尔拉斯对边际概念的引入，经济学研究方法就明显地被数学化了，进而区分为实证方法（追求经验验证）和规范方法（追求价值关怀）。此后，数学方法在经济学领域被大量使用，起先是微积分，以后是矩阵、统计学、模型等更加复杂的方法，以致国际上主流经济学研究必须有模型，在国内的一些专业性学术期刊发表论文也要求必须有数学模型。数学模型方法的应用固然使经济学增强了对经济现象的解释和预测能力，但模型化的方法也存在着“失之毫厘，谬以千里”的危险，如果模型的前提假定有不符合现实之处，其对现实情况的解释力就很差，其对未来事件的解释就可能很荒唐，就会出现“蝴蝶效应”。
制度经济学被大家关注是从20世纪80年代末开始的，这和当时苏东剧变有很大关系，此后相继有30多个国家在进行体制变革。苏东这些原来实行计划经济体制的国家纷纷转而实行市场经济体制，在这个过程中，有很多现实问题需要经济学家给出解释。俄罗斯实行了美国哈佛大学教授萨克斯为其设计的“休克疗法”，在全社会进行全面、快速的私有化，结果引起了社会经济秩序的混乱，致使经济增长缓慢，人民生活水平下降。最近几年，俄罗斯经济慢慢走出低谷。疾风暴雨式的 “休克疗法”在俄罗斯引起的经济后果使得很多经济学家开始关注制度转型问题。引起人们对制度经济学兴趣的还有另外两个经济现象，一个是亚洲金融危机，一个是中国经济连续20多年高速增长。东亚的经济奇迹使得亚洲引以为豪，并曾由此使人们兴起对儒家文化的强烈兴趣，人们曾把新加坡看作“亚洲五小龙”的代表。然而金融危机在泰国的爆发凸现了亚洲各国金融监管中存在的问题，政府干预和市场调节的结合问题再次被提了出来。
制度经济学在中国改革一开始就引起我国学者的注意，并用来分析中国经济现象，以期为中国的改革找到理论依据。我国经济学家对制度经济学的关注是从所有权开始的。我国的国企改革刚开始是沿着两权分离的思路进行的，随着改革的深入，我国学者开始研究在我国建立现代公司制的问题，产权才进入我国大部分经济学家的视野，而产权是新制度经济学的核心概念之一。新制度经济学和旧制度经济学虽然都重视制度对经济效率的影响，但二者仍然有区别：旧制度经济学对经济问题的分析主要是从法律、文化等逻辑的角度分析；而新制度经济学由于引进了“交易费用”的概念，将制度问题纳入古典经济学的分析框架，进而使得用制度因素对经济问题的分析可以实现形式化、模型化。有人认为，经济学中交易费用的发现就像物理学中摩擦力的发现一样，使得经济学理论更加接近经济现实。虽然在制度交易费用大小的衡量上还没有找到可以量化的、切实可行的方法，但制度分析方法在解释经济现象方面已经显现了力量。我国学者在这一方面已经作了许多研究，对一些经济现象做出了有说服力的解释。
新制度经济学认为制度就是规则，不是我们传统意义上所理解的政治或经济的制度，传统上所理解的制度是政治或经济体制意义上的。制度这一概念是在“规则” 这一意义上被制度经济学家使用的。新制度经济学家把制度分为正式制度和非正式制度。正式制度是指人们有意识创造出来并通过国家等组织正式确立的成文规则，包括宪法、成文法、正式合约等；非正式制度则是指人们在长期的社会交往中逐步形成、并得到社会认可的一系列约束性规则，包括价值信念、伦理道德、文化传统、风俗习惯、意识形态等。正式制度具有强制性、间断性特点，它的变迁可以在“一夜之间”完成。而非正式制度具有自发性、非强制性、广泛性和持续性的特点，其变迁是缓慢渐进的，具有“顽固性”。在生活中，正式制度只占整个社会约束的小部分，人们生活的大部分空间还是由非正式制度来约束的。用非正式制度可以解释我国社会生活中的许多现象，因为我国传统上是一个伦理社会，缺乏契约传统，伦理文化因素在社会生活中起着十分重要的作用，渗透在社会生活的各个方面。
制度可以说是人类追求一定社会秩序的结果，人们力图通过这些制度为自己的生活构建一个稳定的空间。在正式制度的构建中，人类充分运用自己的理性来努力地把握未来。非正式制度可以说是人类社会的原发性规则。正是通过非正式制度，人们构建了法律出现以前的社会，在这个社会中人们依靠风俗习惯、道德、意识形态构建了社会秩序。法制社会与伦理社会相比，是后出现的。社会发展趋势是，人们尽可能地把原来属于非正式制度的社会规范转化为正式的法律规范，使其在规范人们的行为方面具有更大的强制力，使人们在实际生活中有更为明确的规则可以遵循。制度对经济发展的影响越来越引起人们的重视，为了提高经济效率，人们不断地反思已有制度存在的缺陷并加以修正。
“制度”这个概念的使用率愈来愈高，大量的制度经济学著作被译介到我国，在我国已成立了多家制度经济学研究中心，并定期举办制度经济学年会，制度经济学必将在我国的经济体制改革中发挥越来越重要的作用。我们期待，借助制度经济学和其他相关学科的滋润，在解决社会经济体制改革面临的重大问题的过程中，中国能出现自己的经济学说。
分析传统
