据古代文献记载，公元前200多年，巩留地区居住着古老的伊犁塞种人。然而，塞种人后来被月氏人驱逐，公元前161年，乌孙国与匈奴联合，乌孙王成功击败月氏王，进而控制了伊犁河流域。随后，匈奴统治西域，乌孙国成为其附庸。为了对抗匈奴，汉武帝派遣张骞两次出使西域，与乌孙结盟，加强了与西域诸地的联系，从而加深了中原对西域的认识，促进了两地的政治、经济交流，为汉朝统一西域奠定了基础。公元前60年，日逐王贤掸归降汉朝，天山南北地区正式归属汉朝中央管辖。西域都护府的设立，标志着巩留和伊犁河流域成为了中国统一多民族的一部分。
1932年3月24日，巩留县正式建立，其管辖范围包括伊犁河以南、喀什河以东、阿布热勒山以南的广大区域，涵盖了现今巩留县全境以及周边昭苏县、特克斯县东部、察布查尔县东部、新源县西部和部分尼勒克县、伊宁县地区，成为伊犁东部的政治、文化和经济中心。"巩留"是汉语名称，取自于"巩吉斯"和"特克斯塔留"两词，寓意坚固和长久。由于巩留曾为旗屯地，人员流动频繁，这个名字也暗含了巩固稳定的意思。1946年，巩留镇成立，是伊犁东部最早建立的城镇之一。在新中国成立前，巩留镇是伊犁东五县重要的商贸中心，市场设施沿街分布。
1950年，巩留县人民政府在原三区革命县政府基础上成立，代表各族人民利益，隶属于伊犁地区。1954年，巩留县召开了第一届人民代表大会，1955年成立了第一届中国人民政治协商会议。同年，伊犁地区改为伊犁哈萨克自治州，巩留县成为州直管县。此后，巩留县经历了社会主义改造，工业体系开始形成，商业网络完善，农牧业基础得到强化，人民积极性提高，交通、邮电、教育、科技和卫生等各项事业蓬勃发展，巩留进入了社会主义发展新阶段。直至1985年，伊犁地区再次调整，巩留县归属伊犁行署，政权建设逐渐规范化。
巩留镇位于县城中心，地处巩留西部平原，东经82°13′ 北纬43°29′ ，东西约三公里，南北约1.5公里，城镇辖区面积29平方公里 ，可耕地3000亩，已开发2920亩，可开发面积80亩。