四川省监狱管理局的内部机构设有多个职能处室和机关党委，各司其职，确保系统的高效运行。以下是主要部门的职责概述：
政治部: 负责全系统的政治思想工作、理论学习和精神文明建设，指导党组织建设、领导班子建设和共青团工作，管理干警队伍和公务员队伍，包括教育培训、职称晋升等。
办公室: 负责会议决定的实施和检查，起草文件、处理文秘事务，负责体制改革和保密工作，提供信息资料。
狱政管理处: 主管监狱监管改造工作，监管刑罚执行，管理押犯事务，负责监控设施和武装警戒，以及监狱内部安全和案件侦破。
教育改造处: 负责罪犯教育工作，制定教育规划，评估教育效果，指导特殊学校和刑满释放人员的社会帮教。
生活卫生处: 管理监狱医疗卫生，指导计划生育和卫生防疫，负责警察和犯人的生活管理，以及被装管理。
生产处: 指导监狱工农业生产，促进任务执行，负责技改项目管理和内部市场经营。
财务处: 负责监狱资金、财务和资产管理，编制预算，负责国有资产保值增值。
监狱规划处: 负责监狱中长期发展规划，管理基本建设项目和固定资产投资。
科技处: 负责科技管理工作，推广新技术，负责科技信息和质量监督。
劳动工资处: 负责干警工资管理和工人企业的管理工作，包括工人培训和技术等级考核。
审计处: 对监狱财务和资产管理进行审计，负责领导干部离任审计，监督财务制度执行。
政策法规处: 贯彻执行监狱工作方针政策，研究新情况，参与法规修改，处理行政复议和法制工作。
环境安全工作处: 贯彻环保法律，负责监狱环保规划和监督。
机关党委主要负责局机关和直属单位的党群工作，其具体设置根据省委规定执行。
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