招标代理费用的计算通常采用差额定率累进法，以中标金额为基础。例如，当一项工程的招标代理业务中标金额为6000万元时，费用计算方式如下：
对于小于或等于100万元的部分，按1%的比例收费，即1万元；接着，对100万元至500万元的部分，收费比例为0.7%，即2.8万元；1000万元至1000万元的部分，收费比例为0.55%，计2.75万元；5000万元至1000万元的区间，比例为0.35%，为14万元；最后，超出5000万元的部分按0.2%计算，即2万元。将所有区间内的费用相加，总计为22.55万元。
自2014年起，国家发展改革委调整政策，取消了对招标代理费的政府定价，转由市场决定。这意味着代理服务费将由供需双方协商确定，不再受到政府直接管控。这旨在促进专业服务市场的公平竞争，维护消费者权益，并鼓励专业机构提供更优质的服务以适应市场的多元化需求。
为了规范市场秩序，相关部门要求各专业服务机构依法经营，不得违规收费，并强调了行业协会的监督作用。同时，各地价格管理部门需加强市场监管，维护合理的价格水平。随着价格放开，招标代理服务有望在竞争中提升服务质量，满足不同客户的需求。