我国是一个自然灾害发生频度较高的国家，尤其对于一些灾害频发的地区，如地震活跃区、长江中下游洪涝灾害活跃区，应注重平时的基本卫生储备，做好物质上、技术上、以及组织上的准备工作，以备不时之需。基本卫生资料储备:灾害常发地区应该建立健全各种传染病相关资料，包括灾害常发地区的人口资料、健康资料、传染病发病数据与资料、地方病分布数据与资料、动物宿主与媒介分布资料等，开展灾害常发地区的传染病防控科学研究。这些资料的储备对于制定灾害地区有针对性的防疫措施具有重要参考价值。基本防疫设施储备:为了应付灾害突然发生所引起的传染病流行，中央及地方卫生部门应当贮备必要的防疫物资与器材，这些物资与器材还要定期检验和更新，并且及时补充新的高科技设备，使防疫设施储备箱纵深配置发展。
建立传染病检测系统:灾害发生后，必须尽快建立传染病家侧系统，加强对灾后常见传染病，如霍乱、甲肝、感染性腹泻等消化道传染病，肺炎、肺结核等呼吸道传染病，乙脑、疟疾、流行性出血热等虫媒传染病的监测工作，开展及时有效的流行病学调查工作。同时，还应根据灾区地理环境等特点对各种医学昆虫的密度和携带病原体情况进行实时监测，及时发布传染病预警信息。加强水源监测，防治水源性传染病:水源监测包括饮用水卫生和接触水卫生。一方面加强保护饮用水安全，防治水源污染导致的传染病，另外--方面，还要做好污水处理工作，尤其是洪涝灾害发生后，减少民众对疫水的接触也是非常必要的。改善灾区环境，防止病媒生物滋生:由于灾区环境遭到破坏，使民众接触各种病原体的机会增多，应及时搞好环境卫生，如设置临时厕所、垃圾堆积点，做好粪便、垃圾的消毒与处理。发放驱虫药，可能地向灾区调入蚊帐和驱蚊剂等物资，以预防虫媒传染病的发生。
通过对近百年中国自然灾害的发生与传染病流行情况的简要回顾，可以确定，在地震、洪涝、海啸等自然灾害突发后，必然会次生传染病流行，导致灾区民众染病或死亡，正所谓“大灾过后必有大疫”。70年代以前，由于生产力水平的限制以及医学本身发展的局限性等因素，人们在自然灾害面前只能“任其安为”，传染病防空能力非常有限，只能采取被动的、局部的、简单的医疗及预防措施。随着我国卫生防疫水平的不断提高，我国目前已经基本实现灾后无大疫的情况。但是开展灾后防疫依然是未来重要的研究方向，尤其是灾后紧急防疫机制。灾害后开展紧急医疗救援的同时，应迅速开展入灾区的防疫工作。有针对性的制定传染病防控措施，具体包括:保护生态环境，虽然自然灾害的发生是导致传染病暴发的直接因素，但是，究其原因，某些自然灾害的发生也与人类自身的不良行为相互关联，社会因素本身也是某些自然灾害发生的成因，甚至有些社会因素还扩大了自然灾害的致灾程度。某些自然灾害的发生，如洪水、早灾等，与人类无节制地破坏生态环境，限制水合理的活动空间，违反河道自然运行所造成相关，是人类过度侵犯自然所造成的。例如，1998 年长江流域发生特大洪水，所冲毁的湖北坑田，实质就是烷田侵占了行水通道。这与长江流域环境变迁有很大关系，一百年间长江上游的原始森林被砍伐掉了80%，武汉在几十年前还拥有上百个大大小小的湖泊，如今这些湖泊只剩下了几十个，其余的全被填掉了。人不仅侵占了洪水的通道，而且还占据了湖泊，砍伐了森林，使森林拦蓄水流的作用减少。由此可见，灾后传染病的发生也是人类为自身鲁莽行为所付出的沉重代价。保护生态环境，合理开发自然，利用自然资源是人类从根本上减少某些自然灾害发生最好的方式。
