南方医科大学在实力和名气中，优于广州医科大学。
广州医科大学位于广州市，成立于1958年，原为广州医学院，经过多年发展，2013年更名为广州医科大学。学校目前有番禺、越秀两个校区，拥有临床医学、基础医学2个一级学科博士点，其中临床医学列入“一流学科建设”，学校全日制在校生有1.3万多人。
实力：在第四轮学科评估中，广医有5个学科列入C-及以上，其中临床医学获评B-，基础医学、药学、护理学获评C，公共卫生与预防医学获评C-。学校有6个学科进入ESI排名全球前1%。
南方医科大学也位于广州市，前身是创建于1951年的第一军医大学，1979年被确定为全国重点大学，2004年划归广东省主管，更名为南方医科大学。学校目前有基础医学、生物学、中西医结合、中药学、生物医学工程、公共卫生与预防医学、口腔医学、药学、临床医学、护理学10个一级学科博士点，全日制在校生有2万多人。
实力：在第四轮学科评估中，南方医大有9个学科列入C-及以上，其中基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合获评B+，临床医学、生物医学工程、药学、护理学获评B，口腔医学、中药学获评C-。目前学校有7个学科进入ESI全球排名前1%，临床医学入围全球前1‰。
两校实力分析：
第四轮学科评估为教育部所评，还是非常权威的，通过两校的情况来看，南方医科大学无论是底蕴还是实力都全面超过了广州医科大学。南方医大的临床医学只是多个强势学科之一，但实力也超过了广州医科大学的王牌临床医学。
广州医科大学在浙江投档分也不算低，但在招生人数远低于南方医大的情况下，投档分也比南方医大低了一些，临床医学专业投档分相差足有13分之多。
由此可见，在两校未列入“双一流”时，广医无论是实力还是名气，都是不如南方医科大学的。但广医现在既然列入了“双一流”，以后的发展说不定会加快追赶南方医大，2022年广医的投档分预计也会向南方医科大学看齐！