朱元璋没有杀自己儿子，朱元璋死的比较蹊跷的3个儿子的真正死因如下：
1、朱元璋七子朱搏：朱搏在洪武年间参与过北征，所以他居功自傲，到了建文年间，因为有叛变的意图被建文帝借机削藩，废除为庶人，囚禁在京城四年。靖难之变后，明成祖恢复其王位，但几年后又因为意图不轨，被废为麻人，最后在南京软禁到死。所以和朱元璋没什么关系。
2、先璋九子朱杞：1岁的时候就天折了，这个肯定不是朱元璋杀的。
3、朱元璋八子朱梓：在胡惟庸案件中，朱梓的妃子潭王妃的弟于琥牵涉其中被诛，潭王妃的父亲虽然已经死了，但也被追列于胡党之中，所以朱梓当时害怕极了，担心自己也受到牵连。当时朱元璋想安慰朱梓，就让人找朱梓进宫，结果朱梓异常惊恐，最后选择了和潭王妃一同自焚而死。
朱元璋晚年凄凉
朱元璋一共有26个儿子，其中嫡出的有5个，分别是长子太子朱标、次子秦王朱樉、三子晋王朱棡（gāng）、四子燕王朱棣、五子吴王（后改为“周王”）朱橚，他们名义上都是马皇后的儿子，按照古代长幼尊卑的思想，嫡出的儿子身份地位要高，朱元璋最为看重他们。
太子朱标是朱元璋最喜欢的儿子，朱标一死，大明储君位置空悬，朱元璋考虑了九个月之久，最终才确定让皇孙朱允炆继承皇位，在这期间，朱元璋不是没有考虑包括晋王朱棡、燕王朱棣在内的其他儿子，选定朱允炆注定要付出代价，那就是杀戮功臣。
对各地藩王的势力，朱元璋并没有过多担心，因为秦王朱樉、晋王朱棡、燕王朱棣等人，彼此之间可以互相牵制，朱元璋也就没有采取措施限制，没有削减各地藩王的力量，但这个平衡还是被慢慢打破，归其原因就是秦王和晋王的相继离世，这让朱元璋猝不及防。
太子朱标是洪武二十五年(1392年)去世，秦王朱樉是洪武二十八年（1395年）去世。晋王朱棡之死给了朱元璋致命打击，洪武三十一年（1398年），年仅四十岁的晋王也是出征回来后就去世。
朱元璋去世前才真正意识到问题的严重性，因为藩王之间互相牵制已经不存在，嫡子之中属燕王朱棣最大，所谓的“尾大不掉”之势也已经形成，朱元璋临终说了句“燕王不可不虑”，朱元璋去世的第一年，建文帝就开始了削藩，但最终还是被燕王朱棣取而代之。