主要有以下几点不同：
1.病毒的类型是不一样的，HIV是属于逆转录病毒；HPV是属于球形DNA病毒一类。
2.二者之间的感染和引起病变的部位是不同的，HIV是一种人类免疫缺陷类病毒，主要通过病毒攻击人类的免疫系统，导致病人的免疫系统防线摧毁，使得病人被来自其他的病毒导致的疾病所侵害；HPV主要感染的区域是人类表皮和黏膜上皮，这也是最为常见的性传播病毒。
3.可治愈性不同，HIV目前是无法彻底治愈的也不可以完全预防；HPV则是可防可控的，可以完全治疗的。
4.治疗策略不同，HIV主要是通过最大限度和持久的降低病毒载量；获得免疫功能重建和维持免疫功能；提高生活质量；降低HIV相关的发病率和死亡率；HPV则是通过激光、微波、冷冻、电灼、手术切除（妇科的LEEP刀等）、光动力疗法等，也可以使用特定的药物治疗。
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