在过去的十年间，北京朝阳医院京西院区取得了显著的科研成果，其中四项荣获国家科技成果二等奖。这些荣誉包括：《呼吸衰竭的发病机理与治疗研究》（2009年）、《提高我国肺血栓栓塞症诊疗水平的系列研究》（2008年）、《严重急性呼吸综合征(SARS)的临床与基础研究》（2006年）以及《直接经皮冠状动脉成形术治疗急性心肌梗死的疗效评价》（2000年）。这些研究不仅在国内得到了认可，还在国际医学界享有盛誉，如在New England Journal of Medicine、CHEST和Circulation Research等权威期刊上发表了多篇学术论文。
除了科研上的成就，医院还收获了众多荣誉奖项。连续多年，医院被评为“首都卫生系统精神文明单位”，展现了其在医疗服务中的高尚品质。全国总工会授予的“抗震救灾重建家园‘工人先锋号’”是对医院在灾难救援中的突出贡献的肯定。卫生部医政司的认可，让医院在2009年病历质量评比中荣获二等奖。此外，医院的“爱心志愿服务”项目荣获北京市卫生局党组“基层党组织服务群众最佳品牌项目”称号，显示了其在公益服务方面的卓越表现。
电视片《天使老人司堃范》的优秀制作，使医院在党员教育领域获得市委组织部北京市第八届党员教育电视片观摩评比人物片一等奖。在体育领域，医院还荣获了第十一届国际田联世界青年田径锦标赛突出贡献奖。在民族团结进步方面，医院被评为“首都民族团结进步先进集体”。北京市公安局的集体嘉奖是对医院在维护社会秩序中的贡献的表彰。最后，39健康网评选的“2007年、2008年最受欢迎三甲医院”和搜狐网站授予的“搜狐健康博客特殊贡献奖”，进一步证明了医院在医疗服务行业的影响力和口碑。
经国资委批准，2004年12月31日，位于北京市石景山区京原路的原中铁建总医院从企业中分离，整体划转，并入北京朝阳医院，成立北京朝阳医院京西院区。是石景山地区唯一一家非营利性三级甲等综合性医院。