根据海南省机构编制委员会的《关于西南中沙行政体制调整方案的通知》(琼编[2008]93号)，西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处的机构设置如下：
纪委
纪委作为工委的工作部门，负责党风廉政建设和反腐败工作，主要职责包括执行中央和省委关于党风廉政建设的决定，协助工委进行反腐倡廉，处理违反党纪案件，制定党风廉政教育规划，以及宣传党的纪律和相关政策。
组织部
组织部负责组织和干部管理工作，包括贯彻党的路线、方针，制定干部管理规定，指导基层党组织建设，管理党员发展，负责干部培训和考核等工作。
宣传部
宣传部负责宣传、科技、文教、广电、体育等工作，执行党的宣传政策，组织理论学习和宣传，指导精神文明建设，发布突发公共事件信息。
群工部
群工部负责工会、青年、妇女等群众工作，关注计划生育、工会活动、青年培养和妇女权益保护等。
编制委员会办公室
编制委员会办公室负责行政体制和机构编制管理工作，执行国家政策，审核和管理机关、事业单位的机构设置和人员编制。
政府机构
社会发展局负责发展规划、民政、商务等工作，包括经济规划、区域协调、资源开发、社会服务和拥军优属活动等。
财税局主管财政、税收和国有资产管理，制定财政政策，实施税收管理，监督事业单位财政执行情况。
海洋渔业局负责海洋经济、渔业行政管理，包括海洋资源管理、环境保护和渔业水域监管。
国土环保与建设规划局负责国土、环保、建设规划，包括土地管理、环境保护、城乡规划和人防工作。
旅游局负责旅游产业发展，规划旅游区域，监管旅游市场，负责旅游安全和交通监管。
人力资源和社会保障局负责人力资源和社会保障工作，包括就业、薪酬分配、人事管理、职业技能培训等。
公安局负责公共安全和治安管理，包括侦查、出入境事务、交通秩序、边防和消防工作。
文化广电出版体育局负责文化艺术、广电、出版、体育等工作，包括政策制定、设施管理、文化市场监督等。
教育科技与卫生局负责教育、科技、卫生领域工作，包括教育规划、科研管理、公共卫生和应急工作。
监察与审计局负责行政监察和审计监督，确保办事处各部门遵守法规和预算执行情况。
人民武装部负责民兵工作，包括政治教育、预备役训练、战备和军民联防。
各办事处还有驻海口和文昌的办事机构，以及垂直管理的中国海监、公安边防、渔政渔港、气象、邮政等机构。
西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处（简称西南中沙群岛办事处），是中华人民共和国海南省人民政府的派出机构，于1959年3月设立，负责行使西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛及其边临海域的主权与管辖权。办事处为县级编制，与中共海南省委员会的派出机构“中国共产党海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛工作委员会”（简称西南中沙工委）合署办公。办事处驻西沙群岛以及整个南海诸岛最大的岛屿永兴岛。2012年6月，撤销西南中沙群岛办事处，重新设立地级三沙市，管辖西沙群岛、中沙群岛、南沙群岛的岛礁及其海域。三沙市人民政府驻西沙永兴岛。