四川省交通运输厅的行政编制总额为91名，包括核心管理层：厅长1名，副厅长4名，机关党委书记按省委规定配置。高级技术职位有总工程师1名和安全总监1名。此外，还有交通战备办公室的专职主任，担任副厅级职务，以及正处级领导职数17名，其中包含机关党委专职副书记或党办主任1名和副主任1名，副处级领导职数则有21名。
在编制之外，单列管理的行政编制为1名，专为军队转业干部设立。同时，纪检监察方面设有专项编制5名，由省纪委、监察厅派驻，其中纪检组长或监察专员1名，监察室主任或纪检组副组长1名。这些职位的管理遵循川委办〔2005〕30号文件，即《中共四川省委办公厅 四川省人民政府办公厅关于转发〈省纪委、省委组织部、省编办、省监察厅关于对省纪委、省监察厅派驻机构实行统一管理的实施意见〉的通知》。
最后，考虑到机关的离退休服务，交通运输厅还保留了一个控制数岗位，用于满足相关服务需求。
据《中共四川省委、四川省人民政府关于印发〈四川省人民政府机构改革方案〉和〈关于四川省人民政府机构改革方案的实施意见〉的通知》（川委发〔2009〕24号），将四川省交通厅的职责进行部分调整，更名为四川省交通运输厅（简称“交通运输厅”），为四川省人民政府组成部门。