河南省住房和城乡建设厅的内部机构设置旨在支持其职能的履行。设有多个专门部门，分工明确，涵盖广泛。
办公室负责处理文电、会务、机要事务，同时管理信息、安全、保密、新闻宣传、政务公开、节能减排以及信访工作，同时指导城市建设档案工作。
法规处（住房改革发展处）负责起草地方性法规和规章草案，进行合法性审核，指导住房政策研究、法制建设、行政执法监督以及行政复议等工作，研究住房重大问题并拟订相关政策。
住房保障处（住房公积金监管处）承担住房保障政策的制定和实施，协调廉租住房资金，编制住房建设规划及住房保障发展计划，并监督执行公积金政策。
城乡规划处制定全省城乡规划政策，编制城镇体系和区域规划，并监督实施，负责城市规划审查、土地利用规划审查，以及对重大基础设施选址和项目许可等工作。
房地产市场监管处负责房地产市场的监管，拟定和监督执行市场监管政策，指导土地使用权转让，审核房地产企业和物业服务企业的资质，并监管房屋征收拆迁工作。
建筑管理处负责工程建设、建筑业监管，制定行业政策和技术标准，监督建筑市场行为，审批建筑施工企业安全生产许可证，以及参与工程事故调查处理。
勘察设计与标准定额处负责工程勘察设计咨询市场和技术政策的制定，监督工程建设标准和造价管理，负责抗震设防审查。
城市建设处制定城市建设和市政公用事业规划，指导供水、节水、绿化等城市管理工作，以及城镇污水处理设施的监管。
村镇建设处负责乡镇和村庄的规划，指导农村住房建设、危房改造，以及村镇人居环境改善工作。
科技处负责住房城乡建设的科技规划和技术经济政策，组织科研项目，管理科技成果，推动建筑节能工作，以及国际科技交流合作。
墙体材料改革处负责推动墙体材料革新，制定行业规划，组织新型墙体材料的推广和研发。
计划财务处负责行业发展规划、项目审查、统计信息、资金管理和国有资产监管，以及直属单位和社会团体的财务审计。
人事教育处负责人事和机构编制管理，人才发展计划，行业职业资格标准的制定和执行，以及厅属院校的管理。
机关党委负责机关和直属单位的党群工作，而离退休干部工作处则专注于机关和直属单位的离退休干部服务，指导相关工作。
河南省建设厅成立于1983年，是负责全省建设工作的省政府组成部门。其建置沿革是：1953年成立省人民政府建筑工程局，1954年改为省人民政府基本建设局，1955年改为省城市建设局，1958年改为省建筑工程厅，1962年改为省建筑工程局，1969年改为省基本建设委员会，1978年成立省建筑工程局、省城市建设局、省建材工业局，1983年成立省城乡建设环境保护厅，由省城建局、建工局、测绘局、环保办公室合并组成，1994年改为省建设厅。2009年2月26正式更改为河南省住房和城乡建设厅。