团委下设组织部、宣传部、社会实践部和科技创新部四个部门。
组织部是院团委下设的负责团委的正常工作及全院共青团思想建设、组织建设及共青团干部培养和管理的重要职能部门。
宣传部负责全院共青团的宣传工作，及时了解和掌握全院团员青年思想状况和要求，根据上级团组织的指示精神，研究制定宣传教育工作计划并组织实施。
社会实践部负责全院的社会实践工作，规划制定全院学生社会实践活动的工作计划并组织实施。
科技创新部负责为全院同学参加全国大学生科技比赛（包括全国“挑战杯”大赛，中国大学生创意创业大赛，中国平安励志大赛，triz理论大赛，中国移动杯、昆山杯等大赛）及其相关活动提供理论指导 。 理学院考评中心的组织机构体系日益完善、分工愈加精细。由办公室、考评部、管理部、考勤部、素质拓展部组成。
考评中心以服务于广大同学为中心，旨在通过联合学生会、团委、指导中心组织部分活动在德、智、体等各方面为广大同学提供发展的机会，进而提高广大青年同学的创造力和逻辑思维力，培养广大同学的良好的个性品质和树立正确的世界观、人生观和价值观；并鼓励广大同学拥有广泛的兴趣爱好，以备将来成为与时俱进的当代新型人才。 理学院的考评工作一直以来讲究效率。关键在于日常的基础工作抓得实，为工作的高效率而善于摸索、发现与创新。做任何工作要有脚踏实地的态度，尤其像考评部的工作，她需要公正的心和严谨的态度。而一切事物发展都要建立在优化与创新的基础之上，我们在传承前人的同时要有大胆和创新的精神 。 理学院勤工助学隶属于东北林业大学校勤工中心，是理学院团委领导下的一个院级服务性学生组织。中心自成立至今，工作人员一直本着“精诚团结、亲密合作、积极创新、努力发展”的工作原则，秉持无私奉献、真诚服务的精神帮助了广大同学。
为了更好地为同学们服务，中心下设办公室、指导部、助贷部及志愿者服务部四个部门 。 理论指导中心全称为“大学生科学理论学习和思想道德修养指导中心”，是一个以加强同学们科学理论学习和提高同学们思想道德修养为宗旨的独立的学生机构，是校指导中心下设在理学院的分部。
为了合理有效的进行工作，理学院指导中心下设三个部门，分别是办公室、政教部、素教部 。
