1. 办公室：作为局机关的行政中心，办公室协助领导管理日常事务，协调各部门工作。负责会议组织、文件起草、文电处理、统计、档案管理、信访、后勤保障、保密及财务人事管理工作。同时，还负责档案专业技术职务的评审相关工作。
2. 监督指导科（政策法规科）：主要负责全市档案业务的监督指导，为机关、团体等提供档案业务指导，推广先进经验。承担档案执法监督、检查工作，处理行政复议和诉讼，草拟并上报档案工作规范文件。此外，科负责档案科研项目的评审和成果推广，以及档案宣传、教育和人员培训工作。
3. 保管利用科：接收并保管市直单位及乡镇移交的档案资料，进行科学整理、鉴定和维护。负责馆藏档案的信息化，对外提供查阅和咨询服务，同时维护库房设备。
4. 信息技术科：负责全市档案信息化的规划、实施和管理工作，包括电子文件的处理、发布和存档，数字化档案馆的建设和维护，档案信息资源数字化，以及网络系统的组织规划和维护，以及政府信息公开查询服务和网站编辑更新工作。
5. 征集编研科：专注于地方志和党史的研究编修，收集整理宁国大事记和有价值的档案史料，进行编纂、出版，为地方中心工作提供重要参考资料。
根据中共宁国市委、宁国市人民政府《关于印发〈宁国市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（宁发〔2010〕18号），设立市档案局（馆）（地方志编纂办公室、党史研究室）。市档案局（馆）（地方志编纂办公室、党史研究室）是主管全市档案、方志、党史工作的市政府直属机构。