对于慢性输卵管卵巢炎的治疗，非手术疗法是重要的一步。首先，要确保患者充分休息，减少性生活，并且要针对可能的感染源，如宫颈炎、外阴炎、阴道炎和尿道腺体炎症，特别是宫颈糜烂，进行彻底治疗，以防止炎症的反复发作。
在非手术治疗中，抗生素局部应用是常用手段。一种方法是侧穹窿封闭，根据病情，每日或隔日进行一次，一般进行7到8次为一疗程，必要时可在月经后再次注射，通常需要3到4个疗程。可以选择加入地塞米松或强的松龙增强疗效。另一种方法是宫腔输卵管内注射抗生素，操作与输卵管通液类似，但需注意控制注射压力和速度，以防止输卵管痉挛。理疗方面，如超短波、透热电疗和红外线照射也有助于促进血液循环，加速炎症消散。
中药治疗需在医生指导下进行，对于特定病情，可能是一个选择。然而，对于一些特定情况，如输卵管积脓或卵巢脓肿的急性发作，或者慢性炎症严重影响患者生活和工作且年龄超过40岁者，手术切除病灶可能是必要的。在手术前后，抗生素的应用不可忽视，通常术前3天和术后5到7天给予药物。
手术应力求彻底，全子宫切除和双侧附件切除可以有效防止炎症复发，但需权衡患者生育需求。对于年轻且希望生育的患者，如果炎症未形成明显包块，输卵管复通手术可能是个更好的选择，但必须在医生的指导下进行，以期达到最佳的治疗效果。
输卵管卵巢炎的急性期，若治疗延误或不彻底，迁延日久则形成慢性。有一小部分病例其病原菌毒力较弱，或机本抵抗力较强，可无明显症状，因而未引起注意，或被误诊以致拖延失治。但在当今已有众多强有力抗生素足以有效治疗急性输卵管卵巢炎的情况下，急性转为慢性病灶的可能性已大为减少，唯结核菌感染一般均为慢性病变过程。