驻马店市教育局的内设机构包括办公室，主要负责综合协调机关的日常事务，包括文秘、信息处理、文印、档案管理、机要事务、保卫及综合治理工作。此外，办公室还负责局机关的财务管理和国有资产的监管，以及会议的组织和安排。
人事科，即挂有驻马店市教师资格管理办公室牌子的部门，主要职责是处理机关和直属单位的人事、劳动工资和机构编制工作。他们负责全市教育系统的表彰与奖励，教师资格认定与管理，以及教育行政干部和中等以下学校校长队伍的规划和队伍建设。此外，还参与师范院校毕业生就业政策制定，指导就业安置，并与相关部门共同研究教育编制标准和内部人事分配制度改革。
计划财务科负责制定全市教育事业的中长期规划，参与学校体制改革、布局调整，管理学校设置、撤消和更名，制定招生计划，管理教育基建项目和投资，负责教育事业统计分析，以及教育经费的政策制定和经费管理。他们还监管直属单位的财务，并负责编制预、决算，管理国有资产和教育贷款等。
基础教育科指导全市基础教育，重点支持九年义务教育，管理幼儿教育、民族教育和特殊教育，负责德育、劳动教育、安全教育以及体育、卫生、艺术教育，同时也指导社会力量举办的基础教育机构。
职业教育与成人教育科负责全市普通及成人中等职业学历教育和成人文化技术教育的管理，指导职业教育教学改革和德育，管理教材建设和师资培训，指导社会力量举办的中等职业学校工作。
师资培训科负责全市中小学师资队伍建设的综合管理，指导教师培训和培养，以及中小学教师继续教育的归口管理工作。
高等教育科则负责全市各类高等教育的统筹管理，规划高等教育教学改革与评估，并负责现代远程教育的管理工作。
最后，退休离休人员管理科负责局机关退休离休人员的管理和服务工作，同时指导所属单位的老干部工作。机关的纪检（监察）机构和党组织按照相关规定设置。
驻马店市教育局是驻马店市人民政府组成单位，先后经历驻马店地区教育委员会，驻马店地区教育局，驻马店市教育局三个主要阶段。 根据《中共驻马店市委、驻马店市人民政府关于印发驻马店市市直机构改革实施意见的通知》（驻发〔2001〕24号），设置驻马店市教育局。驻马店市教育局是主管全市教育工作的市政府工作部门，规格为正处级。