在国内阶级矛盾和朝鲜民族危机的双重作用以及东学道的传播和全琫准等仁人志士的积极推动下，在朝鲜国内，起义的爆发就像一个缺乏导火线的炸弹，一旦导火线具备了势必引起剧烈的爆发，而朝鲜的全罗道地方政府压榨百姓的行为就是甲午农民战争的导火线。
全罗道古阜郡守赵秉甲是个有名的贪官，自上任后巧取豪夺，农民对他恨之入骨，不满与反抗的情绪弥漫，随着全罗道古阜郡1893年12月的万石洑水税事件发生，一场轰轰烈烈的农民起义爆发了。古阜郡是朝鲜的主要产米区，水利灌溉至关重要。朝鲜有一种特有的水利设施，以木石或土沙筑成，用来截水灌溉农田，叫做“洑”。洑分国有和民有两种。万石洑是国有洑，农民从万石洑引水浇地，要缴纳一定的水税。此项水税收入，按惯例只用于洑的管理及其他有关事业，并不上缴国库。1892年赵秉甲上任后，征发数万农民在原有旧洑的基础上毫无必要地另建一座新洑——八旺洑。完工后，赵秉甲不但增加水税，还将水税收入攫为己有。百姓不服，找他论理，赵秉甲闭门不见。百姓向全罗道观察使金文铉申述，反遭逮捕。百姓忍无可忍，便揭竿而起了。于是朝鲜甲午农民战争在全罗道古阜郡爆发了。
1894年2月15日（农历甲午年正月十日），经过五天的准备，古阜、泰仁上千名农民在当地东学道首领全琫准、崔景善、金道三、郑益瑞等人的率领下，蜂拥向衙门冲去。群情激愤的人们高举着鸟枪、长矛、大刀、铁叉、锄头、木棍，有人把平时供在厅堂里的祖传宝剑也拿了出来。赵秉甲闻讯，吓得屁滚尿流，赶紧逃走。起义军占领郡衙后，惩办贪官污吏，烧毁地契、奴婢卖身契，释放狱中百姓，打开仓库，把非法强征来的水税米退还给农民。但这次暴动之后十多天起义农民就作鸟兽散。之后的古阜郡守朴源明和政府派来处理“民乱”的按核使李容泰对待农民更加苛暴，“一郡居民，痛入骨髓” ，议政府给国王的报告中也称自李容泰到任后，情况不但没有好转，而且”乱民情迹，去益叵测矣”。 于是全琫准等人又于1894年4月25日（阴历三月二十日）率领农民起义，占领白山，以其为大本营。起义军捣毁官衙，开仓济民，并于4月30日（阴历三月二十五日）在白山举行大会，提出了“弗杀人，弗伤物”、“忠孝双全，济世安民”、“逐灭倭夷，澄清圣道”、“驱兵入京，尽灭权贵”等四大纲领，还在檄文中表示要“拯百姓于涂炭，奠国基于磐石；内斩贪虐之官吏，外逐横暴之强敌”，史称“白山倡义”。 东学起义军的主张赢得百姓们的支持，沿途参加东学军的农民越来越多，起义队伍很快发展到13000多人，武器也大有改善。不久，全琫准被推举为总大将，自称“绿豆将军”，金德明为军师，两个大将孙华仲与金开南各领一军，兵锋直指全罗道首府全州。
东学军纪律异常严明，规定不准吸烟，不得奸淫妇女，不能损坏农田，违者严厉惩处，对于两班、吏胥、地主、土豪则十分严厉。当时日本东京《国民新闻》的报导中曾援引旅朝日本人的这样一段话：“东学党军纪律之严正，实在令人佩服而外，无话可说。如有一个兵士夺了良民的财产或奸淫了妇女，立即捕来，当众数说他的罪恶，处以死刑，警戒全军。所以队伍经常齐整，服从命令。犹如我所说的听来或似过誉，实际情形确是如此。地方人民一则（对官军）畏如蛇蝎，一则（对义军）爱如父母，其间相去实如天渊。” 一位对东学军持敌意的文人写道：“贼（指东学军）所至，毁廨宇、烧文簿、劫军器、掠官财。守宰虽见获，不辄杀，而拘锁戮辱之。亦不杀吏胥，而施棍杖、周牢、股钗之刑。民间则索饭、索草鞋而已，不掠妇女财物，从者日众。” 可见东学军的军纪确实非常严明。
1894年5月7日，全罗道观察使金文铉派250名全罗监营兵和1000多名雇佣的褓负商进攻白山，企图将起义扼杀在摇篮中。东学军在全琫准的指挥下成功击退了官军，迫使其退守全州城。 不久，官军被东学军打败的消息传到汉城，朝鲜统治者惊恐万状，一来是因为全罗道首府全州号称“三南重镇”，地理位置极为重要，二来是全州供奉有朝鲜太祖李成桂的祖庙庆基殿。朝鲜国王李熙（朝鲜高宗）急派壮卫营正领官洪启薰为两湖招讨使，率800名京军携枪炮弹药乘坐清朝北洋水师的平远舰和朝鲜的苍龙、汉阳两火轮从海路开赴全州，又命200名京军从陆路攻打东学军。金文铉见大批京军来援，以为东学军即将崩溃，便抢先发动进攻，却没占什么便宜。1894年5月10日拂晓，东学军趁天还未亮，便在黄土岘组织一场袭击，官军大败，死伤800余人，领兵官李璟镐被击毙。东学军在黄土岘战斗中缴获枪支600多杆，武器装备得到改善，士气也大大提高。
洪启薰在南下途中先向东学军发出招降书，威胁利诱。但全琫准不但拒绝投降，还率军偷袭灵光县，生擒守城军官黄万基。洪启薰一看招降不成，决心用武力镇压。他的部队经过了美国教官的训练，是当时朝鲜唯一配备西方新式武器的军队。然而此时洪启薰率领南下的800名京军，一路上士气低落，军心涣散，开小差不断，到1894年5月11日抵达全州城时，只剩下470余人。洪启薰感到东学军声势浩大，便密奏国王，建议借外国兵镇压。朝鲜高宗害怕引狼入室，不敢轻易借兵，只派黄宪周督带300名壮卫营士兵与200名江华火枪兵支援。援兵还未到达，两军已在长城郡月坪洞交火了。原来洪启薰到达全州后，全琫准采取避实就虚的战术，不与官军正面交锋，拖着官军从灵光到兴德，从兴德到咸平，然后转进长城郡。东学军在城南月坪洞扎营。官军长途追击，疲于奔命，士气更为低落。
1894年5月27日，洪启薰率军追至月坪洞，只见丛林密布，郁郁葱葱。洪启薰害怕埋伏，便先派小部队试探虚实，自己躲在后面观察动静。官军哆哆嗦嗦地走进树林，只听喊杀声起，吓得回头就跑。洪启薰一看，从林中冲出的东学军老的老、小的小，大多拿着大刀、长矛。他顿时壮起胆来，跳起来大叫：“冲上去！”官军无奈，只得掉头冲锋。东学军却仿佛不堪一击，纷纷逃散。这一下洪启薰意气风发，指挥官军全力追击。不料，洪启薰中了计。原来全琫准早已知道官军武器精良的优势，便决定将主力部队埋伏在黄龙江一带，另派小股军队诱敌深入。官军追入树林后，行至黄龙村，无数埋伏已久的东学军从四面八方冲了出来，顿时杀声震天。官军猝不及防，大败而逃，武器扔得满地都是。官军伤亡200余名，洪启薰抱头鼠窜。长城郡会战，东学军大获全胜。
东学军乘胜进军全罗道首府——全州城。5月31日，东学军占领完山，逼近全州，以缴获的野炮向全州城内轰击。此时，全州的军队全部被洪启薰调走，城内无兵驻守。观察使金文铉弃城而逃。6月1日（阴历四月二十八日）全琫准率军入城，没收官衙及土豪财富分给贫民，并严禁伤害百姓，受到百姓的热烈欢迎。当时一名叫金允植的政府官员曾这样记述东学军的军纪：“每于对敌之时，兵不血刃而胜，首功；虽不得以而战，切勿伤命为贵。每于行阵所过之处，勿害人物，孝悌忠信之人所居之村，十里内勿为屯住。” 全琫准占领全州后，忠清道和庆尚道的东学道徒群起响应，东学军控制了朝鲜南部三道。不久全朝鲜各地的东学道徒和农民也纷纷揭竿而起，东学军规模空前盛大，已席卷了朝鲜全国五分之三的土地、拥有十多万武装力量了。 东学军占领全州后，洪启薰曾多次猛烈炮击全州城，东学军虽然遭到严重损失，但也抵挡了官军的攻击，战事陷入胶着状态。面对声势浩大的农民起义，朝鲜政府无力镇压。根据兵曹判书闵泳骏的建议，国王高宗一面急忙向宗主国清朝求援，于是清政府派遣叶志超和聂士成率淮军精锐2500人于1894年6月8日左右陆续在忠清道牙山登陆，准备镇压东学党起义；一面将金文铉、赵秉甲、李容泰等人革职查办，任命严世永为三南廉察使，金鹤镇为全罗道观察使，向东学军求和。
东学军领袖全琫准等人鉴于继续对抗会引起外国武装干涉，便放弃了“驱兵入京”的计划，同意和朝鲜政府谈判，“相议官民相和之策”。 严世永、洪启薰等人被迫答应东学军提出的12条改革方案，其中包括严惩贪婪暴虐的官吏、两班和富豪，取消封建等级制度，废除苛捐杂税和公私债务，废除奴婢和贱民制度，严惩私通日本者，平均分配土地等，史称全州和议。 同时，政府还“许置执纲于各郡”。 6月11日，东学军撤出全州。东学军在其控制区内的53个郡县建立执纲所，作为自己的政权机构，以贯彻执行全州和议的12项改革方案，管理当地一切事务。史载“ 于是东徒割据各邑，设执纲所于公廨，置书记、省察、执事、童蒙之名色，宛成一官厅，日以讨索民财为事。所谓邑宰只有名位，不得行政，甚者逐送邑宰”。 全州和议达成标志着甲午农民战争第一阶段结束。 日本政府早就密切注视朝鲜局势的发展，等待出兵朝鲜的时机，然后制造挑起中日战端的借口。如今，这样的时机终于来到了。在全州和议达成后，日本右翼间谍组织“天佑侠”便潜入东学军内部，藉此刺探情报，鼓动东学党再次起义，以挑动中日冲突，不过没有得逞。而在清政府出兵朝鲜镇压东学党起义的同时，一万多名日军以保护侨民和使馆为借口不请自来，陆续从仁川港登陆。1894年7月23日，日军突袭汉城王宫，挟持高宗和闵妃，扶植了以兴宣大院君为首的亲日傀儡政府；7月25日，日本未经宣战就突然袭击丰岛海面的清军运兵船，挑起了甲午中日战争。9月底，清军退回鸭绿江，日本完全控制了朝鲜。
面对日本人粗暴干涉朝鲜内政，各地东学军开始跃跃欲试，试图重新起义。1894年10月8日（阴历九月十日），全琫准将10万名东学军集结在参礼驿再次起义，史称“参礼起包”。东学军的再起首先是由于日本对朝鲜的侵略，全琫准被捕后日本领事内田定槌问他：“更起包何故？”全琫准回答：“其后闻则贵国称以开化，自初无一言半辞传布民间，且无檄书，率兵入都城，夜半击破王宫，惊动主上云。故草野士民等忠君爱国之心，不胜慷慨，纠合义旅，与日人接战。” 后来又问：“然则日兵与各国人留住京城者欲尽驱逐耶？”全琫准回答：“不然。各国人但通商而已，日人则率兵留阵京城，故疑讶侵掠我国境土也。” 可见东学党第二次起义的矛头直指日本。除此之外，东学军的再起与当时朝鲜的执政者兴宣大院君密切相关，他不甘心做日本的傀儡，表面上以“汝等若幡然感悟，释兵归田，断无一毫加罪之理……如或不遵告戒，恣行犯法，蜂聚蚁屯，观望不解，是自取大祸” 等言辞晓谕东学党解散，而暗中在9月下旬命三南招募使李建永向东学党传达其密旨称：“方今倭寇犯阙，祸及宗社，命在朝夕，事机到此，尔若不来，迫头祸患是若奈何？”要求其立刻起兵，驱逐日本人及亲日派。 全琫准透过姻亲宋喜玉等了解大院君的想法，曾将该密旨轮示部下，并附上“自大内有密教，送招募使李建永到此边同义。而此说泄于倭，则祸及玉体，慎之，秘密”的一行字。 此外大院君还曾派密使郑寅德、朴东镇、朴世纲等人在东学军各部中活动，大院君及其党羽相信“东学以上奉国太公（大院君）之说倡起者也，若使挥动几十万众，卷土而来，真所谓人众胜天。日兵虽动，亦无奈何也” ，因此东学军的再起与大院君不无关系。
“参礼起包”后，全琫准打出“辅国安民”的旗号，决定兴师北上，直捣汉城，推翻亲日傀儡政府，驱逐日本侵略者。甲午农民战争进入第二阶段。1894年10月15日，全琫准首战告捷，攻占忠清道论山，并在这里用谚文传檄四方。然而就在此时，东学道上层领导集团发生分裂，其中以东学道教主崔时亨为首的“北接”系便说全琫准等“南接”人士“借道酿乱”，指责他们是“国家之罪人，师门之逆贼” ，在东学军中散布投降主义和不抵抗思想，对东学军产生了非常消极的影响。经过全琫准与崔时亨等人的谈判，南接和北接终于达成一致举兵的意见。直到11月18日，东学军才正式开始北进汉城的军事行动。
镇压东学军本来就是日本出兵朝鲜的目标之一。日本驻朝公使井上馨在11月10日的报告中说：“东学党曾切断我军用电线，袭击兵站部，并虐杀了商人和人夫等”，而且“朝鲜兵究竟是无用之物……遇贼后反而逃走，不能起任何作用” ，因此日本决定出兵剿灭东学军。此时日军已攻入中国辽东半岛，清军节节败退，11月22日，日军攻破要塞旅顺，便可腾出手来镇压东学军。日本派白木诚太郎中尉、宫本竹太郎少尉率领2000名士兵（两个大队）前往镇压起义，朝鲜政府也起用申正熙为两湖巡抚使，率李斗璜、成夏泳等部共3200名官军配合日军围剿东学军。11月底到12月初，十万东学军与日军和官军在忠清道首府公州激战6天6夜，日军和官军拥有装备和训练上的绝对优势，东学军则人数众多，战斗勇敢，因此公州会战异常激烈。尽管东学军在利仁驿等地挫败了日军和官军的一些进攻，但双方实力悬殊，未能攻下公州。在1894年12月5日的牛金峙战役中，日军凭借机关枪等优势武器打败东学军。东学军损失大半，向南撤退。全罗道各地的官僚地主纷纷组成“民包军”、“守城军”，与日军和官军合力围歼东学军。与此同时，黄海道和忠清道的东学军也相继失败和解散。
1894年12月28日，全琫准在全罗道淳昌为叛徒金敬天出卖而被俘，被押解到汉城受讯。他面对日本人和朝鲜官吏的威逼利诱，宁死不屈，公然在法庭上控诉日本暴行，终于在1895年4月23日与孙华仲、金德明、崔景善、成斗汉等农民领袖一起英勇就义。轰轰烈烈的甲午农民战争也在朝鲜内外反动势力的猛扑下失败了。
甲午农民战争后，东学道徒遭到大规模的屠杀和迫害，据估计有30—40万起义者及其眷属被朝鲜统治者和日本军杀害。 其中日军大本营在1894年10月27日下达了对东学党“无条件杀戮”的命令，不仅是起义者，只要是遇见持有东学经传或名帖的人就将其杀害，至少有5万人被日军以“讨平东徒”为名而被屠杀。 其后东学道残余势力发生分化，李容九等起义者放弃了“斥倭斥洋”的理念，转而与日本人妥协，甚至成立“一进会”，彻底投靠日本。更多的东学军继续加入义兵运动及其他反日运动，为国家独立与日本长期进行艰苦卓绝的斗争。
