1、飞机特色不同
第二代战斗机：
二代战斗机强调“高空高速”，升限可达20000米以上，最大速度超过两倍音速。个别的高空截击机的升限高达30000米，速度超过3倍音速。
第三代战斗机：
该战斗机应用第、三代航空发动机中，低空机动灵活性高、配备先进雷达设备、加强导弹应用等。另外第三代的战斗机开始趋向多任务，多用途的路线。
2、研发时间不同
第二代战斗机：
第二代超音速战斗机出现于50年代末和60年代初。
第三代战斗机：
该战机是上个世纪六十年代后主要出现的战斗机。主要使用年代为1972年后。
3、俩种战机特点不同
第二代战斗机：
第二代战斗机具有全天候作战能力，装备了中距空空导弹，而且兼顾对地攻击，对地攻击能力较强。第二代战斗机的机载电子设备和武器系统的性能有了较大改进，飞机的重型化倾向明显。
第二代战斗机参加了越南战争和其它的一些局部战争，接受了实战的考验，结果却发现它们并不能满足实战的要求，因为作战方式和以前预想的已经发生了很大的变化。高空高速并不是空战的主要范围，因此第二代飞机的性能优点并不是决定空战胜负的决定性因素。
第三代战斗机：
第三代战斗机出现于1960年代，这个阶段将先前累积的使用经验已经各种试验的结果加以整合。许多高速飞行时的现象和控制问题获得相当程度的解决，高后掠角度的机翼设计已经不受到青睐，三角翼和几何可变机翼与后掠角度小于45度的梯形翼成为设计的主流。
发动机的输出透过耐高温特殊材料和冷却技术而更上一层楼。雷达与各类航电逐渐成熟与复杂化，机鼻进气口已经几乎完全被放弃，以配合大型雷达天线的安装需求，而这个需求使得飞机的大小和成本迅速高涨。
第三代战斗机将空对空飞弹作为标准武装之一，并且在越战、六日战争与印巴边界冲突当中使用。
前两代的发展当中，单一用途的拦截机与战斗轰炸机进展至此，受惠于各项系统的进步，尤其是雷达与航电的功能以及效能，使得第三代的战斗机开始趋向多任务，多用途的路线。
4、主要代表机型
第二代战斗机：
法国的“幻影”III、“幻影”F1和瑞典的Saab-37。
第三代战斗机：
以F-4、F-5、MiG-25 为主要代表。
参考资料来源：百度百科——第二代战斗机
参考资料来源：百度百科——第三代战斗机