万年县交通局的主要职责包括：
1. 政策执行与规划制定：交通局贯彻执行国家、省、市、县关于交通的方针、政策和法规，制定并实施交通行业的发展规划和计划，引导行业优化结构，实现协调发展。
2. 基础设施建设和监管：该局负责全县县乡公路和水路基础设施的建设，对公路的规划、勘测、设计、工程质检和养护进行指导和监督。同时，对客货运输市场进行行政管理和行政执法，管理养路“三费”和运管费的征缴，并对交通基础建设资金进行监管。
3. 交通运政与市场管理：交通局负责公路、水路交通运政管理及运输市场的调控，对汽车检测和维修市场进行管理，确保客货运输的正常秩序。
4. 水上安全与行业管理：负责权限范围内的水上交通安全监管，包括码头管理、水上运输行业的监督检查，以及对乡镇船舶的指导。
5. 精神文明与队伍建设：指导交通行业的精神文明建设，注重职工队伍建设，按照权限管理好局属单位的高级领导。
6. 质量监督、科技与教育：负责交通质量和技术监督，推动交通科技发展，并管理行业内的教育培训工作。
7. 安全生产与应急运输：确保交通行业的安全生产，并在战备运输和抢险运输中发挥关键作用。
8. 其他任务：最后，交通局还需完成县委、县政府和市交通局交办的其他重要工作。